Однако, несмотря на успешную адаптацию, церковь, и далее применявшаяся к эволюции христианского мира, уже не могла им руководить, как в раннее Средневковье. С конца XII в. новые ордены цистерцианцев и премонстрантов стали терять свое влияние. Даже к нищенствующим орденам отношение уже было не единодушным: коль скоро труд становился базовой ценностью нового общества, допустить, что можно жить нищенством, было непросто. Университетские преподаватели, писатели, которые были, несомненно, выразителями более широкого общественного мнения, сильно попрекали братьев их нищенством. Парижский магистр Гийом де Сент-Амур, Жан де Мен, автор второй части «Романа о Розе», со страстью обрушивали обвинения на новые ордены. Фома Аквинский и Бонавентура, возражая им, вынуждены были напрягать всю силу своих доводов. В глазах части народа доминиканцы и францисканцы были символом лицемерия, а первые к тому же вызывали ненависть тем, что возглавляли репрессивную борьбу с ересью, взяв в свои руки инквизицию. Первый доминиканский мученик св. Петр Страстотерпец был убит в Вероне в 1252 г. взбунтовавшимся народом, и его образ с пронзенной кинжалом головой был во множестве распространен усилиями ордена.
В раннее Средневековье именно церковные соборы задавали тон христианскому обществу. Соборы XII и XIII вв. уже приноравливались к эволюции этого общества. Наиболее известный и важный из них, IV Латеранский собор 1215 г., который организовал систему обучения и установил обязательное пасхальное причащение, был попыткой вернуть былое влияние и оказался запоздалым. Тринадцатый век стал веком секуляризации в большей мере, нежели веком готических соборов и схоластических сумм. В 1277 г. епископ Парижский Этьен де Тампье, издав перечень из 217 осуждаемых им тезисов, и архиепископ Кентерберийский доминиканец Роберт Килуордби с помощью аналогичного документа попытались обуздать интеллектуальную эволюцию. Они осуждали вперемешку и куртуазную любовь, и распущенность нравов, и чрезмерное обращение к разуму в теологии, и поощрение опытной рационалистической науки. Это постановление оказалось действенным лишь в отношении передовых течений мысли, которые не опирались еще на достаточно надежные инфраструктуры. Но несомненно, что, если даже и не все клирики поддерживали эти осуждения, они свидетельствуют не просто об отсталости, но уже о «реакционности» церкви.
Ее идеологическая монополия столкнулась с опасной угрозой. Начиная с первых проявлений подъема Запада около тысячного года лидерство церкви уже стало оспариваться, и прежде всего ересями. Шампанский крестьянин Леутард, проповедовавший неортодоксальное Евангелие жителям Вертю и окрестностей, итальянские еретики из Монтефорте, миланцы-патарены, тесно связанные с городскими движениями, и многие другие возмущали время от времени города и целые области. Ученые еретики, как Росцелин, Абеляр (если он был еретиком), его ученик Арнольд Брешианский, выплеснувший ересь из школ на улицы Рима и поднявший народ против папы, также вносили смуту, но в более ограниченные круги населения. Церковь, часто поддерживаемая государями, охотно предлагавшими ей свою «светскую руку», реагировала быстро и решительно. И в 1022 г. в Орлеане запылали первые костры с еретиками.