Свой доклад архитектор Назимов закончил так: «Если когда-нибудь Императорская Академия наук или лица, имеющие на то власть, пожелают осмотреть гроб или перенести прах А. С. Пушкина на другое место, то, конечно, им не придется дожидаться подобного
В 1944 году, отступая, немецко-фашистские захватчики взорвали Успенский собор и все монастырские постройки. Они заложили фугасы огромной мощности, в десять авиабомб, в специально вырытый 20-метровый тоннель, который шел поперек дороги в сторону могильного холма и через подошву его. Тысячи мин были установлены по склонам холма и четыре мины под фундаментом самого памятника. Пульт управления взрывом всего монастырского ансамбля был оборудован неподалеку от церкви, на Тимофеевой горке.
От волны при взрыве Успенского собора памятник на могиле поэта отклонился в сторону обрыва на несколько градусов и стал постепенно оседать.
Подробности о разрушении Святогорского монастыря и осквернении могилы Пушкина были изложены в сообщении и акте Чрезвычайной государственной комиссии по установлению и расследованию злодеяний немецко-фашистских захватчиков и их сообщников, работавшей в заповеднике с 26 июля по 1 августа 1944 года.
В конце мая 1945 года в заповедник прибыла правительственная комиссия под председательством архитектора А. В. Щусева. Члены комиссии детально осмотрели памятник и обратили особое внимание на покосившееся надгробие.
Алексей Викторович Щусев, выслушав мой доклад, рекомендовал провести тщательное наблюдение над процессом оседания памятника, установив в основание его «маяки» — специальные стеклянные пластинки, укрепленные по сторонам трещин (они лопаются, если идет процесс разрушения). В течение нескольких лет я ставил эти пластинки. Они неизменно лопались. Было ясно, что процесс оседания усилился. О результатах своего наблюдения я информировал директора Института русской литературы (Пушкинского дома), профессора Н. Ф. Бельчикова. В октябре 1952 года Н. Ф. Бельчиков приехал в заповедник в качестве главы комиссии специалистов Академии наук по определению устойчивости памятника. Комиссия произвела инструментальную съемку места, заложила шурфы и постановила в течение лета 1953 года ликвидировать отклонение памятника, произведя общую реставрацию пушкинского надгробия.
Было решено: выправить памятник с заменой части пьедестала, выложенной рижским песчаником и пудожским плитняком, на гранит. Отремонтировать, в случае необходимости, склеп. Во избежание систематического увлажнения грунта атмосферными водами асфальтировать площадку. Переложить разрушенную каменную стену на северной стороне холма.
К августу 1953 года подготовительные работы были закончены. К середине месяца было завершено и геологическое обследование почвы, произведены необходимые промеры и фотографирование памятника. В местной метеорологической станции была взята метеосводка, которая сулила хорошие, солнечные дни на весь август.
Началась реставрация. Ее проводила группа специалистов псковской научно-реставрационной мастерской под руководством инженера М. Никифорова. В качестве консультанта был приглашен известный советский археолог Павел Николаевич Шульц — мой товарищ по университетским годам и музейной работе в Ленинграде.
18 августа территория монастыря была закрыта для посетителей, у ворот были поставлены посты милицейской охраны. В 7 часов утра рабочие начали снимать одну за другой детали памятника, скрепленные между собою медными штырями, и относить их в сторону. Работы производились вручную. Каждую деталь забинтовывали одеялами, чтобы не повредить мрамор. Работали очень медленно. Ножами снимали с деталей окислившиеся, сплющенные ленты свинцовых прокладок, находившихся между кусками мрамора.