Американская военная миссия в Гватемале видела в расцветающем партизанском движении только вездесущую «коммунистическую угрозу». Американская военная техника прибывала, и американские советники начали подталкивать менее встревоженную и малоагрессивную гватемальскую армию к принятию соответствующих мер. В мае Соединенные Штаты основали базу, специально созданную для обучения антиповстанческим действиям (Пентагон предпочитает использовать этот термин вместо «контрреволюционные действия» из-за щекотливого подтекста последнего). В северо-восточной провинции Изабэл, которая вместе со смежной провинцией Сэкэпа составляла область самой значительной партизанской поддержки, командой американского спецназа — «зеленых беретов» — пуэрто-риканского и мексиканского происхождения была сформирована база, чтобы сделать присутствие США менее заметным. Штат базы был увеличен на 15 гватемальских сотрудников, обученных антиповстанческим действиям в американской «Школе Америк» (School of the Americas) в Форт-Гулике (Fort Gulick) в зоне Панамского канала [4].
Американская стратегия действия против партизан основана на философии кнута и пряника. Соответственно, в то время как гватемальским вооруженным силам преподавали методы засад, ловушек, выживания в джунглях, тактику «найти и уничтожить», предоставляли самолеты и обучали пилотов, в северо-восточной области была начата операция «гражданского содействия»: строились колодцы, распределялись лекарства, предоставлялись школьные обеды. Были обещаны и другие блага, чтобы перехватить инициативу у партизан и дать крестьянам меньше поводов поддерживать их. Американскому персоналу разрешили вести разведку на партизанской территории под гражданским прикрытием. Земельная реформа, необходимость которой стояла наиболее остро, теперь даже не планировалась.
Таким образом, планы должны были осуществиться с помощью «покорения сердец и умов» (winning hearts and minds) крестьян, однако в Гватемале это оказалось столь же бесполезно, как и в Юго-Восточной Азии. Поэтому, когда все научные статьи о «разработке социальных систем» были написаны и все исследования антиповстанческих действий были проведены исследовательским центром «Корпорация РЭНД» (RAND Corporation) и другими мозговыми центрами, в ход пошел террор — чистейший, проверенный террор. Партизан, крестьян, студентов, рабочих, лидеров и квалифицированных специалистов сотнями бросали в тюрьмы или убивали, чтобы хотя бы временно заглушить требования реформы [5].
Но худшее все еще было впереди.
В марте 1963 года генерал Идигорас, избранный в 1958 году на шестилетний срок, был свергнут в результате переворота полковником Энрике Перальтой Асурдиа (Enrique Peralta Azurdia). Известный латиноамериканский корреспондент Джорджи Энн Джейер (Georgie Anne Geyer) позже сообщила: «Высокопоставленные источники в правительстве Кеннеди раскрыли информацию отом, что США спровоцировали и поддержали переворот 1963 года». Судьба Идигораса, очевидно, была предопределена, поскольку он уже находился в немилости у Вашингтона из-за нескольких инцидентов: например, когда он позволил вернуться в Гватемалу Хуану Хосе Аревало (Juan Jose Arevalo), который возглавлял реформаторское правительство до Арбенса и у которого все еще имелись сильные сторонники. Идигорас планировал уйти в 1964 году, таким образом оставляя дверь открытой для проведения выборов. Однако Вашингтон вместе с президентом Кеннеди лично, как и гватемальская армия, полагали, что свободные выборы восстановят власть Аревало в правительстве, склонном ктем же реформам и независимой внешней политике, из-за которых Соединенные Штаты свергли Арбенса [6]. Аревало был автором книги под названием «Акула и сардины», в которой он изобразил США пытающимися доминировать над Латинской Америкой. Хотя он также публично назвал Кастро «опасностью и угрозой для континента» [7].
Весь курс правительства Перальты характеризовался одним из его первых действий: убийством восьми лидеров политического союза и профсоюза — их раздавили грузовиками, нагруженными камнями [8]. Режим Перальты был репрессивным и зверским на протяжении всех его трех лет у власти. Однако американские военные советники считали, что правительство и гватемальская армия все еще не оценили в полной мере угрозу, которую представляли собой партизаны, и все еще не были готовы к методам ведения нетрадиционной войны. Аэти методы, систематически применяемые, должны были истребить партизан раз и навсегда. Тем не менее, несмотря на американские убеждения, армия редко совершала набеги в горы.
К тому же Перальта оказался в некоторой степени националистом: ему не нравилось чрезмерное влияние Соединенных Штатов в Гватемале, особенно в его собственной сфере — вооруженных силах. Он отклонил настойчивые предложения американских «зеленых беретов» обучаться партизанской войне для борьбы с повстанцами. Предпочитая полагаться на своих людей, он сократил число гватемальских офицеров, которым было разрешено участвовать в американских программах обучения за границей.