А между тем ЦРУ решило пока не задействовать мафию (тем более что бандиты не смогли купить никого из окружения Кастро) и сделало основную ставку на военное вторжение. Когда Кеннеди принес присягу в январе 1961 года, он узнал, что в лагерях ЦРУ на территории Гватемалы завершается подготовка кубинских эмигрантов (в общих чертах Кеннеди проинформировали осенью 1960 года). Даллес и Биссел фактически обманули нового президента, сообщив, что, по данным американской разведки, в случае вторжения начнется массовое народное восстание против Кастро. К тому же, убеждали президента, высаживаться нужно срочно, так как СССР уже начинает поставлять Кубе современное оружие. Кеннеди пришлось согласиться, но он резко сократил масштабы американской авиационной поддержки (планировалось, что за два дня до высадки бомбардировщики «без опознавательных знаков» уничтожат слабую кубинскую авиацию на аэродромах и потом будут прикрывать вторжение с воздуха).
По мнению ЦРУ, такое «предательство» Кеннеди и стало причиной провала операции «Сапата» в апреле 1961 года. Президент разрешил только один налет на Кубу, и часть авиации Кастро уцелела. Она и начала громить интервентов, которые тщетно просили своих хозяев из ЦРУ об «авиационном зонтике». После разгрома эмигрантов в бухте Свиней многие офицеры ЦРУ и их кубинские подопечные открыто грозились отомстить Кеннеди.
А сам Кеннеди, наоборот, считал, что ЦРУ подставило его. Ведь никакого народного восстания не случилось, а высадку осуществили в болоте, где эмигранты не смогли даже развернуться в боевые порядки. К тому же Кастро прекрасно знал ту местность, так как любил там охотиться.
Кеннеди публично взял на себя ответственность за провал операции, но в доверительной беседе пригрозил «разорвать ЦРУ на тысячу кусков и развеять их по ветру». Даллесу и Бисселу предложили уйти в отставку. Кеннеди просил Роберта стать директором ЦРУ, но тот отказался. Тем не менее именно Роберт возглавил специальную секретную группу по Кубе, которая стала пытаться сместить Кастро путем организации диверсионных рейдов против Кубы.
На смену операции «Сапата» пришла операция «Мангуст». Сотни агентов ЦРУ тренировали тысячи кубинских эмигрантов в лагерях на южном побережье США. Штаб-квартира располагалась во Флориде (на территории университета Майами). Для прикрытия операции ЦРУ создало сотни подставных фирм, используя в основном бывших сотрудников полиции, ФБР и самого же ЦРУ. Так как операция была секретной, опять были задействованы теневые схемы, когда организаторы диверсионных рейдов против Кубы формально не числились в штатах федеральных органов власти.
Роберт Кеннеди запретил использовать мафию в покушении на Кастро, но тем не менее планы по убийству кубинского лидера разрабатывлись ЦРУ чуть не каждый месяц. То хотели пропитать специальным ядовитым составом акваланг Кастро, то собирались подложить на дно моря, где он любил плавать, красивую ракушку, начиненную взрывчаткой. Была идея подсунуть Кастро специальный препарат, от которого выпала бы его известная на весь мир борода. Наиболее экстравагантным был план операции «Конец света»: в Гаване предполагалось осуществить несколько мощных взрывов, а в это время перед городом всплыла бы подводная лодка, которая осветила бы кубинскую столицу мощными прожекторами. Теоретики из ЦРУ рассчитывали запугать таким образом кубинских католиков, инсценировав пришествие антихриста.
Кастро надоело терпеть каждодневные провокации, теракты и диверсионные рейды и он попросил Москву разместить на острове советские ракеты. В октябре 1962 года начался Карибский кризис. Роберт Кеннеди был неприятно поражен, когда узнал, что в самый разгар его секретных переговоров с советским руководством о мирной ликвидации конфликта агенты ЦРУ продолжали нападать на остров с территории США. Если бы жертвой операции «Мангуст» стали советские военные советники на Кубе, то могла бы разразиться последняя в истории человечества мировая война.
Карибский кризис закончился, как известно, обязательством США не нападать на Кубу. В среде кубинских эмигрантов и их кураторов из ЦРУ это было расценено как второе предательство Кеннеди в отношении свободной Кубы. В конце 1962 года операция «Мангуст» работала уже как бы сама по себе: огромная масса натренированных террористов вышла из-под контроля руководства ЦРУ. Различные кубинские эмигрантские организации чувствовали себя обязанными только своим личным кураторам из ЦРУ. А многие из последних не скрывали своей ненависти к Кеннеди. Например, главный куратор кубинской эмиграции от ЦРУ, зная о запрете Роберта Кеннеди использовать мафию, тем не менее продолжал контакты с организованной преступностью. Очень тесные отношения сложились и у кубинских эмигрантов с американской мафией, тем более что деловые связи «Козы ностры» и сторонников свергнутого режима Батисты сформировались еще в 40 — 50-е годы.