Узнав о поражении англичан в Афганистане, бухарский эмир Насрулла приказал казнить двух британских эмиссаров: дипломата Коколли и полковника Штоддерта. Оба прибыли ко двору эмира, чтобы устроить конфликт между Бухарой и Россией. 17 июня 1842 г. Штоддерт и Коколли были публично обезглавлены на базарной площади.
В начале 1840-х годов Кениссары, один из султанов киргизской Большой Орды, учинил несколько нападений на русские территории. В ответ русские в 1845 г. построили Оренбургское укрепление на реке Тургае (позже ставшее городом Тургаем) и Уральское укрепление на реке Иргизе. Года через три был построен форт Карабутакский на Верхнем Иргизе.
Нападения киргизов Кениссары вскоре прекратились, так как враждебные ему султаны Большой орды, чтобы сохранить за собой власть, обратились к русскому правительству с просьбой принять их в русское подданство. Николай I изъявил свое согласие, и летом 1846 г. пять родов Большой Орды принесли присягу на верность России. Одновременно к озеру Балхаш и на реку Или были отправлены русские отряды, чтобы разгромить непокорного султана Кениссары. Тот бежал в Китай, но там был захвачен каракиргизами и убит. Тогда и остальные киргизы Большой Орды пожелали принять русское подданство. Русское правительство направило к ним несколько сотен казаков. Пройдя весь Илийский край, они в 30 верстах от китайской границы в 1847 г. заложили город Копал. В 1854 г. для защиты новых подданных от набегов каракиргизов Заилийского Алатау на месте древнего города Алма-Аты (Яблонный) была построена крепость Верный. После этого в подданство России перешла часть каракиргизов, живших в бассейне озера Иссык-Куль.
Для закрепления этого края за Россией сюда была переселена часть западно-сибирских линейных казаков, составивших Семиреченское войско. Чтобы пополнить это войско, всем желающим крестьянам западносибирской губернии русское правительство предложило переселиться в Семиречье с зачислением в казаки. Однако желающих оказалось мало. Тогда в 1858 и 1859 годах вышли царские указы о переселении в киргизскую степь с обращением в казаки всех крестьян, самовольно поселившихся в Западной Сибири, а также и тех, за кем числились недоимки в размере более годового оклада. Предписывалось давать переселенцам льготы по службе и получению провианта, а также денежное пособие на первое обзаведение.
Параллельно Россия встала твердой ногой и на восточном побережье Каспия. В 1842 г. на острове Ашур-аде в Астрабадском заливе в юго-восточном «углу» Каспийского моря была основана станция (база) Каспийской флотилии. (В настоящее время остров Ашур-аде и примыкающий район побережья – территория Ирана). Как было сказано в официальном документе, станция основана «для наблюдения за неспокойными туркменами». На станции Ашур-аде постоянно базировались два военных судна, а гарнизон составлял 130 человек при двух пушках.
В 1846 г. крепость и порт Новоалександровское на Мангышлакском полуострове были эвакуированы. А взамен в том же году на месте крепости святого Петра, основанной еще в 1716 г., был построен форт и порт Новопетровское. Причем при строительстве форта использовались укрепления петровских времен. Были вырыты колодцы, снабжавшие крепость пресной водой. Гарнизон крепости состоял из двух рот пехоты и двух сотен казаков, а также нескольких артиллеристов и 31 орудия. В защищенной Новопетровской гавани могло поместиться свыше сорока больших кораблей. В 1857 г. Новопетровская крепость была переименована в форт Александр, а в 1939 г. – в форт Шевченко.
В 1845 г. в устье реки Сырдарьи новый оренбургский губернатор генерал от инфантерии В. А. Обручев приказал построить укрепление Аральское (Раим) и… основать флотилию на Аральском море. В донесении в Петербург Обручев четко сформулировал необходимость этих мер: «Если мы не займем низовье Сыр-Дарьи, это сделают англичане».
Увы, Перовский приказал полковнику Ивану Федоровичу Бларамбергу отправиться в Раим и оттуда внезапно напасть на Ак-Мечеть. (Расстояние между обеими крепостями около 350 км). В отряд Бларамберга вошли полурота пехоты и две сотни казаков при пяти пушках. Всего 12 офицеров и 457 нижних чинов.
Отряд выступил из Аральска (Раима) 3 июля 1852 г. Но лишь 27 июля 1853 г. русские войска под началом самого Перовского штурмом овладели Ак-Мечетью. Генерал Перовский за взятие кокандских крепостей получил рескрипт Николая I с благодарностью и решением о переименовании Ак-Мечети в форт Перовский. (В 1925 г. большевики переименовали город в Кзыл-Орду.)