Однако результатом увеличения военной мощи большевиков стало лишь ожесточение борьбы на территории Средней Азии. Так, в августе 1920 г. басмачи разрушили 32 версты железной дороги и сожгли 9 хлопкозаводов, а в сентябре – 31 версту и 15 хлопкозаводов. В начале августа 1920 г., по неполным данным, басмачи сожгли только в Андижанском районе 100 тыс. пудов хлопка, 33 тыс. пудов хлопка-сырца, 12 тыс. пудов посевных семян. В октябре басмачи напали на угольные копи Шураб и на нефтепромысел Чимион. В начале ноября шесть басмаческих отрядов напали на вторые по значению в республике угольные копи Сулюкта, расположенные на юге Ферганской долины. Тогда же басмачи окружили район Посьетовки, где строилась ватная фабрика, и напали на нефтепромысел Санто. В середине ноября они напали на озокеритовые промыслы близ станции Мельниково, в результате чего работы на промыслах пришлось приостановить. В это же время в Туркмении и Каракалпакии басмачи нападали на рыбные промыслы на полуострове Муйнак в Аральском море.
Война шла с переменным успехом. Селения и даже города по много раз переходили из рук в руки.
Осенью 1921 г. одним из лидеров басмачей стал Энвер-паша. Его действия на посту военного министра Турции в 1914–1918 гг. достаточно хорошо известны. А вот чем он занимался в 1919–1920 гг., до сих пор толком неизвестно благодаря советским историкам, сделавшим все, чтобы «спрятать концы в воду». Известно, что палач армянского народа в 1920 г. приезжал в Москву и встречался с руководством большевиков. 1 сентября 1920 г. Энвер-паша выступал в Баку на Съезде народов Востока, организованном Коминтерном. Совковые историки пишут, что, мол, большинство делегатов не поддержали Энвер-пашу и т. д. Так зачем такую «бяку» вообще пустили на съезд?
Да и как Энвер-паша свободно разъезжает по Советской России во время дикого террора «чека»? Из Баку Энвер отправляется в Берлин, а в марте 1921 г. он вновь в Москве, вновь ведет переговоры с партийным и военным руководством.
В ходе последнего визита Энвер-паша окончательно разошелся с большевиками и отправился в Кабул, надеясь с помощью басмачей создать «Великий Туран», то есть халифат, объединяющий всех мусульман Азии.
В Афганистане Энвер-паша вошел в доверие к бухарскому эмиру Алим-хану. Эмир решил отправить турка в район Бухары к одному из лидеров басмачей Ибрагим-беку. Однако после первых же попыток Энвер-паши объединить басмаческое движение, бывший бухарский эмир и Ибрагим-бек начали интриговать против турка. Объединение мусульманских сил в Средней Азии так и не состоялось. А Энвер-паша был убит 4 августа 1922 г. в случайной стычке с красными в Кулябском районе.
К 1924 г. движение басмачей стало затихать. В связи с этим большевики приступили к организационным реформам. 19 сентября 1924 г. V Всебухарский курултай Советов принял решение о преобразовании БНСР в Бухарскую Советскую Социалистическую Республику и 29 сентября – о вхождении ее в состав СССР. Однако советские республики Средней Азии были созданы по территориальному признаку в рамках старых административных границ. Национальная разобщенность создавала трудности в экономическом и культурном развитии и национальной консолидации народов, в укреплении советской власти на местах.
Как утверждали большевики, интересы трудящихся всех национальностей Средней Азии и задачи социалистического строительства настоятельно требовали создания национально однородных советских социалистических республик. Чрезвычайная сессия Туркестанского ЦИК рассмотрела в сентябре 1924 г. вопросы национально-территориального размежевания и решила перестроить Туркестанскую АССР в национально однородные государства. 14 октября 1924 г. сессия ВЦИК утвердила постановление ЦИК Туркестана об образовании Таджикской АССР в составе Узбекской ССР. Окончательно национально-государственное размежевание советских республик Средней Азии было узаконено 27 октября 1924 г. сессией ЦИК СССР.
Таджикская АССР образовалась из ряда районов Туркестана и Бухары. В нее вошли 12 волостей Самаркандского и Ходжентского уездов и почти вся Восточная Бухара.
По решению президиума ЦИК СССР 2 января 1925 г. в состав Таджикской АССР включена территория Северного Памира как Горно-Бадахшанская автономная область. Северные районы современного Таджикистана вошли в состав Узбекской ССР и в 1926 г. объединены в Ходжентский округ.