История составления Синодика вкратце такова. Незадолго до смерти царь велел монахам молиться «во веки веков» за всех казненных им людей. «Прощения» заслужили «изменники», самое имя которых было предано забвению и десятки лет находилось под строгим запретом. По приказу Грозного был составлен подробный список «убиенных», копии которого были затем разосланы по всем монастырям. Руководствуясь полученным приказным списком («государскими книгами», «государевой царевой грамотой»), монастырские власти внесли имена опальных в свои Синодики. Ни одного подлинника «государских книг» 80-х годов не сохранилось, или, во всяком случае, они не разысканы до настоящего времени. А уцелевшие монастырские выписки лишь отдаленно напоминали приказной список. Монахам не приходило в голову точно скопировать «государские книги», весьма мало пригодные для поминальных целей. В них сплошь и рядом были означены не христианские имена, а прозвища казненных и иногда лишь их общее число. С точки зрения церковных правил поминать безымянных людей было бессмысленно. Но монахи, боясь царского гнева, все же молились за них, снабжая молитву ссылками на вездесущего Бога: «Помяни, Господи, 1505 человек, а имена их ты сам, Господи, веси (знаешь)». Чаще всего старцы выписывали в свои поминальные книги имена опальных, опуская при этом фамилии и различные, не относящиеся к делу подробности казней.
Синодик давно привлекал внимание историков, но до С. Б. Веселовского никто не исследовал его в источниковедческом плане. Веселовский первым высказал предположение, что в основе Синодика лежал «приказной список», составленный на основании судных дел и разосланный царем по монастырям. Это наблюдение осталось не более чем догадкой. Веселовский констатировал, что копии Синодика настолько расходятся между собой, что свести их воедино и восстановить «приказной список» не представляется возможным. Отказавшись от поиска особых источниковедческих приемов, историк выстроил список опальных в алфавитном порядке. Препарированный таким способом источник перестал существовать как цельный исторический документ. Его загадка осталась нерешенной. В итоге Веселовский в общей оценке Синодика не пошел далее своих предшественников. «…Мы имеем в дошедших до нас списках Синодика, — писал он, — не хронологический и не полный список казненных, а весьма неполный перечень лиц, погибших за весь период массовых казней, длившийся более 15 лет. Перечень этот был составлен не в порядке событий, а задним числом, наскоро, по разным источникам».
Составление алфавитного списка привело к тому, что предположение о приказном происхождении Синодика было забыто, а работы над этим источником прекращены на несколько десятилетий.
Поставив целью реконструировать Синодик, я принужден был начать работу сначала и очень скоро оказался в тупике. Подлинники, разосланные по обителям, погибли. Сохранившиеся копии были изготовлены после смерти Грозного. При еженедельных поминаниях Синодики очень быстро ветшали и приходили в негодность. Странички Синодиков оказывались разорванными, многие из них были утеряны. Но главная беда заключалась в ином. В разных монастырях были утеряны разные страницы, а уцелевшие куски были перемешаны самым причудливым образом. Не обращая внимания на путаницу, монахи копировали испорченные списки. Их копии подвергались новым порчам, и в таком виде их снова переписывали. В некоторых монастырях иноки произвольно сокращали текст Синодика или же выделяли имена важных в их глазах опальных (вкладчиков монастыря и пр.), после чего переписывали имена остальных убиенных.
Итак, сопоставление копий дало обескураживающие результаты. Лучшие, наиболее полные списки решительно расходились между собой. Протограф ускользал из рук, едва начинали вырисовываться его контуры. Ключ к реконструкции утраченного оригинала дало наблюдение, связанное с судьбой казненной Матрены и ее детей. Выяснилось, что в разных Синодиках Матрена с чадами фигурирует в окружении одних и тех же лиц, записанных до и после Матрениной семьи. Появилось предположение, что совпадающие куски текста являются осколками оригинала «приказного списка», уцелевшими, несмотря на все утраты листов и их копирование в неверном порядке.
Поиски в архивах позволили обнаружить десяток неизвестных ранее списков Синодика. Подавляющая часть Синодиков относилась к XVII в., но есть Синодики XVIII и XIX вв. Понадобилось время, чтобы выявить сходные отрывки текста в двадцати известных копиях поминальных книг, каждая из которых заключала несколько тысяч имен.
Самым трудным и неразрешимым был вопрос: в каком порядке выявленные «осколки» располагались в затерянном оригинале? Найти решение помог единственный список Синодика, восходивший ко времени Ивана Грозного. Он был составлен в стенах нижегородского Печерского монастыря. Власти обители завели поминальную книгу в 1552 г. и продолжали пополнять ее до смерти Ивана IV. На последних листах книги были записаны имена опальных.