Грозный поручил составление поминальной книги своим дьякам, открыв перед ними дверь секретных опричных архивов. Дьяки, боясь в чем-нибудь отступить от строгого приказа, выписывали подряд имена казненных из подлинных судных документов и отчетов опричников, сохраняя их терминологию, а нередко также и подробности о месте и обстоятельствах расправ. Порядок и полнота составленных таким способом списков определялись сохранностью опричных материалов и последовательностью их обработки дьяками, которые, переходя от документа к документу, писали опальных в том порядке, в каком их упоминали судные дела. Реконструкция Синодика позволила установить, что его составители добросовестно проштудировали материалы главного политического процесса периода террора — дела о заговоре Владимира Андреевича. Этот процесс тянулся три года (1567–1570), и на основании его был составлен почти весь Синодик — более 9/10 его объема. По Делу Старицкого опричники казнили примерно 3200 человек из общего числа (3300) записанных в Синодике лиц.
Дьяки старательно законспектировали «дело» конюшего Федорова. Их выписки располагались в строго хронологическом порядке. Затем они перешли к самому объемистому из судных дел — делу князя Владимира и новгородским документам. В этом разделе допущен ряд отступлений от хронологического принципа. По-видимому, дьяков торопили, и они стали работать в четыре руки. В результате их выписки из документов о казни Старицких и о новгородском походе попали в сводном тексте Синодика не на место. Поскольку порядок имен внутри выписок не изменен, определение их места в Синодике не вызывает больших затруднений. Работа над вторым списком жертв новгородского похода и его продолжением — псковским списком, а также над более поздним по времени московским материалом велась в прежнем порядке, без всякого отступления от хронологии.
Материалы, относящиеся к делу Старицкого (1567–1570) и второму «изданию» опричнины (1575), хранились в опричном архиве в должном порядке. Что же касается других документов о казнях, то некоторые из них, как видно, затерялись в архиве, и дьяки не использовали их при составлении «приказного списка». В Синодик не попали сведения о казни князя Андрея Шуйского (1543), Кубенского и Воронцовых (1546), Шишкина (1563), об умерщвлении Никиты Шереметева (1564), Шевырева (1565), князя Рыбина-Пронского (1566), князя Михаила Воротынского (1573). Пропуски Синодика носят закономерный характер: если в «приказном списке» пропущен некий судебный процесс, то в списке опальных пропущены все связанные с этим делом лица. Исключение составляют записи, относящиеся к 1565 и 1571–1572 гг.
В целом пропуски Синодика незначительны. Вопреки заключению С. Б. Веселовского «приказной список» отличался большой полнотой. Приказные люди, «законспектировавшие» опричные судные дела, и не подозревали, что после гибели опричных архивов их конспекты послужат бесценным материалом для историков.
В некоторых списках Синодика подробному тексту предпослан краткий перечень опальных, насчитывающий 75 имен самых знатных из «убиенных». Краткий список был разослан по монастырям в 7090 (1582) г., подробный — в 7091 (1582–1583) г. Сличение текстов обнаруживает, что краткий Синодик был экстрактом «приказного списка», с небольшими отступлениями от последнего. По непонятным причинам составители краткого Синодика пропустили имена нескольких бояр (Басманова и Яковлевых), а в конце приписали двух бояр, отсутствующих в «приказном списке».
Опричный архив исчез. Он сгорел, был уничтожен или сгнил в подземных тайниках. Казалось бы, никакая сила не может его восстановить. Однако новейшие методы источниковедения позволили решить задачу. Реконструированный Синодик — своего рода конспект утраченного опричного архива. Деяния опричнины описаны в этой кровавой летописи бесстрастно и точно, день за днем, месяц за месяцем. Документ дает ключ к эпохе массового террора в России.
Многолетние споры о целях и результатах опричного террора близятся к концу.
…Царь был озабочен тем, чтобы оправдать бесславное окончание похода в Ливонию в конце 1567 г. Причиной отмены похода было выставлено расстройство посошной службы. Податное население — «сохи» выставляли людей, которые служили в обозе армии и волокли пушки. Ведал посошными людьми дьяк Казарин Дубровский, известный взяточник. Он не обеспечил своевременной доставки пушек на границу.
Царь велел подобрать жалобы на дьяка. Дубровский был уличен в злоупотреблениях и казнен. В царском Синодике опальных ему посвящена такая запись: «Казарина Дубровской, да 2 сына его, да 10 человек, которые приходили на пособь». Вслед за тем Грозный взялся за дворян, скомпрометированных доносом Старицкого. Опричники казнили двоюродного дядю князя Владимира Андреевича и некоторых других лиц. Как видно, дядя неосторожно намекал племяннику на возможность перехода власти в его руки.