Тут следует указать, что Акоста полагал, будто без толики принуждения и принудительного труда (так называемой миты) невозможно создать в испанском Перу жизнеспособное общество. Однако он желал гуманного обращения с местным населением. Дань, на выплате которой настаивал вице-король Толедо, была, по мнению Акосты, чудовищной ошибкой, о чем он не переставал твердить. За «инспекционной» поездкой Акосты по Перу последовали другие, например, в Панаму (1585), Кито (1586), Чили (1593) и в перуанскую провинцию Хауха (1596).
В 1578 году казалось, что возрастает угроза конфликта иезуитского колледжа Святого Павла с другим учебным заведением, которому благоволил вице-король Толедо, а именно с королевским университетом Сан-Маркос в Лиме. В апреле большинство студентов присутствовали на занятиях в колледже, а вот университетские аудитории пустовали. Ректор университета доктор Лопес Гуарнидо пожаловался вице-королю на то, что все умные студенты жаждут посещать учебное заведение, принадлежащее какому-либо из религиозных орденов. Толедо счел, что иезуиты из колледжа Святого Павла отказываются становиться неотъемлемой частью его образовательного плана и, при поддержке церкви и лично папы, намерены сохранять независимость, что было чревато провалом его собственных усилий. Если коротко, иезуиты, всего через десять лет после появления в Перу, обладали влиянием, которое начинало противоречить интересам короны. 11 октября 1578 года городской глашатай прочитал на главной площади указ вице-короля, запрещавший обучение студентов-мирян в любом частном колледже и устанавливавший обязательство получать образование в университете. Первыми о содержании указа узнали учителя-доминиканцы в университете, а затем его зачитали иезуитам из колледжа Святого Павла.
Акоста принял смелое решение: указ вице-короля следовало отменить. Он обратился за помощью к Риму и Мадриду. В Эскориале король Филипп изучил документы, а затем, указом от 22 февраля 1580 года, предложил, как и можно было ожидать, компромисс между вице-королем и иезуитами. Вице-королю Толедо надлежало заново открыть колледж Святого Павла, а иезуитам разрешалось преподавать иноземные языки и прочие гуманитарные дисциплины. Философия и теология также допускались к преподаванию, однако не одновременно с университетскими регулярными занятиями по этим предметам. Колледжу Святого Павла запрещалось присваивать ученые степени. Студенты могли посещать иезуитский колледж по своему усмотрению, но, если они желали обладать официальной степенью, следовало записаться в университет и пройти полный курс обучения. Королевский университет Сан-Маркос оставался единственным учебным заведением с правом присваивать степени доктора, магистра и бакалавра.
В последующие годы гуманитарный факультет колледжа Святого Павла превратился в официальную подготовительную школу университета Сан-Маркос. Более того, иезуиты получили исключительное право преподавать в Лиме классику, то есть латынь и древнегреческий, но за это им не платили.
Несмотря на эти ограничения, к 1600 году колледж Святого Павла сумел восстановить свое благополучие: на семинарах всегда были много слушателей, и люди самых разных сословий привыкли стучать в ворота колледжа, обращаться туда за христианским советом, утешением и руководством. Даже Луис де Веласко-младший, вице-король конца столетия, спрашивал отцов-иезуитов — фактически игнорируя сделанное его предшественниками, — вправе ли он принуждать индейцев к труду в недавно открытых копях. Ответ, данный отцами Эстебаном Авилой и Хуаном Пересом де Меначо, сводился к тому, что иезуиты не сказали ничего конкретного о принудительном труде в целом, но вот относительно вопроса вице-королем высказались категорически отрицательно. Церковь не позволяет принуждать людей к труду на новых рудниках‹‹297››
.После этого случая слава профессоров-иезуитов из Лимы распространилась широко, и во всех спорных вопросах, будь то этические или юридические, от Парагвая до Чили неизменно ссылались на авторитет колледжа, а тамошние братья, среди которых встречались люди с блестящим образованием, отвечали на заданные вопросы весьма обстоятельно и затейливо‹‹298››
. Между тем колледж продолжал получать благодеяния от физических лиц: в 1580-х годах богатые энкомьендеро и земледельцы подарили колледжу виноградник, сахарную мельницу (ingenio) и несколько участков земли вместе с рабами, которые там трудились‹‹299››.