Ровно неделю царствовала в Москве новая царица. 17 мая 1606 года ее муж был убит в ходе бунта, поднятого боярами. Ее не убили во время резни только потому, что она не была узнана. Как писал Костомаров: «Недавнее царственное величие, радость родных, поклонение подданных, пышность двора, богатство нарядов, надежды тщеславия – все исчезло! Из венчанной повелительницы народа, так недавно еще встречавшего ее с восторгом, она стала невольницею; честное имя супруги великого монарха заменилось позорным именем вдовы обманщика, соучастницы его преступления».
В августе 1606 года царь Василий Шуйский поселил всех Мнишеков в Ярославле, где они прожили до июля 1608 года. Шуйский – как и сама Марина, и ее отец – помнил, что она венчанная московская царица. Обстановка позволяла им не только жить более-менее сносно, но и плести интриги против Шуйского, главной задачей их было убедить всех, что Лжедмитрий жив и что он пока скрывается, выжидая подходящего момента до вступления в борьбу со своими недругами. Вскоре Лжедмитрий «объявился», о чем отец радостно сообщает Марине, но он не сказал дочери, что это уже совсем не тот Дмитрий, с которым она была обвенчана. Мнишеки имели возможность вернуться в Польшу. Марина же решила: «Признанная однажды за царицу сего государства, никогда не перестану быть ей». Вместо Польши они отправились в лагерь Лжедмитрия II, прозванного в дальнейшем Тушинским вором.
Лжедмитрий II, жизнь которого будет тесно связана с жизнью Марины, был человеком грубых и дурных нравов. Но в то же время он был весьма талантлив и с помощью Филарета (отца будущего царя Михаила Романова) и Мнишеков мог бы попасть на престол.
Мнишек признал зятя, а тот пообещал ему щедрые награды, когда утвердится на троне. Затем последовал приезд «супруга» к Марине. Она была в ужасе, но прекрасно понимала, чем ей лично грозит раскрытие обмана. Несмотря на отвращение к Лжедмитрию II, Марина тайно обвенчалась с ним в сентябре 1608 года и прожила в Тушине более года. Супруги обо всем договорились.
Жизнь в Тушине для Марины была трудна. Дочь воеводы, выросшая в роскоши, царица, пожившая в Кремле, была вынуждена ютиться в нескольких комнатах избы.
В январе 1609 года Юрий Мнишек уезжает в Польшу. Дочь осталась одна – Мнишек уехал почти вместе со всеми теми, кто жил с ним в Ярославле, Марина потеряла почти всех своих сторонников. Самозванец это почувствовал, и вскоре почти полностью лишил ее внимания и как государыню, а вместе со вниманием и средств к приличному существованию.
Польский король письменно предложил ей отказаться от притязаний на русский престол. Данное предложение обидело московскую царицу, и Марина ответила отказом.
После побега Лжедмитрия II из тушинского лагеря усилилась партия Филарета, утверждавшая, что с Шуйским и Лжедмитрием дел иметь не следует. Марина, находившаяся в Тушине, поняла, что отныне ее единственным шансом в борьбе за престол стал Лжедмитрий.
В феврале 1610 года она бежала в Калугу, к Тушинскому вору. Поселившись в Калуге с мужем и новым защитником, казацким атаманом Заруцким, она прожила здесь до начала 1611 года. Тушинский вор был убит в декабре 1610 года. Марине пришлось почти окончательно проститься с мечтой о московском троне. Но она сразу после смерти мужа объявила о своей беременности. Она надеялась, что появившийся вскоре сын, нареченный Иваном, даст ей возможность все-таки остаться царицей. Новорожденный мальчик становится заложником честолюбия своей собственной матери. К этому известию окружающие отнеслись неоднозначно. Ее связь с Заруцким была всем известна, и московские бояре, бывшие при Лжедмитрии II, не захотели служить ни вдове, ни ее сыну. Некоторые утверждали, что после гибели мужа Мария Юрьевна ложно объявила себя беременной, и Иван не был её сыном. Постоянно боясь быть убитой или выданной врагам, до июня 1612 года она находилась под Москвой, преимущественно в Коломне, где был и Заруцкий со своими казаками. Она заставила Заруцкого объявить её сына наследником. В начале 1613 года Мария Юрьевна заявила о правах своего сына в качестве наследника престола Земскому Собору, который рассматривал её среди прочих кандидатур на престол, поскольку она была когда-то законно коронована и этого никто не отменял. Исторический Собор постановил призвать на царство Михаила Федоровича Романова. Казань, Вятка и другие города, до которых долго не доходила весть о решении Собора, приносили присягу Ивану Дмитриевичу.
Тем временем ополчение Минина и Пожарского набирало силу Дела Заруцкого были плохи. Полгода убедили его, что на Москве ему правителем не быть, как не быть в ней Марининому сыну царем.
Подступившее к Москве земское ополчение заставило Марину бежать сначала в Рязанскую землю, потом в Астрахань. Всю зиму Заруцкий готовил лошадей и запасы, намереваясь весною идти вверх по Волге. Марина жила в каменном городе (кремле) в постоянном страхе: она приказывала не звонить рано к заутрени под предлогом, чтобы ее сын не пугался звона, а на самом деле боялась набата.