В 1533 году репутация Хайр ад-Дина была такова, что новый султан Сулейман назначил его капудан-пашой. Это очень высокий пост, несший с собой также ранг наместника и подразумевавший общее руководство османскими морскими и иностранными делами. Первой его крупной операцией в этом качестве был захват Туниса в 1534 году. Хотя номинально она велась от имени претендента — Хафсида, после захвата последовало объявление о свержении династии. Хайр ад-Дин, частый гость улемов Туниса во время своего раннего пребывания там, был хорошо принят и без каких-либо трудностей занял многочисленные порты восточного побережья и город Кайруан в глубине территории. Эти районы оставались во владении турок, когда в следующем году испанцы сумели вытеснить их из города Туниса. Карл V восстановил на троне Хафсида как правителя государства-сателлита, надзирая за его действиями из крепости Галетты, которая была построена и снабжена гарнизоном специально для этой цели. Хайр ад-Дин бежал в Бон, где оставил часть своего флота. Оттуда он немедленно отправился в экспедицию, в ходе которой вывез более 4000 пленных с Минорки. С тех пор обязанности капудан-паши держали его вдали от Алжира. Его деятельность как создателя арсенала в Стамбуле и ведение им военных операций против испанцев относятся скорее к османской, чем к алжирской истории. Однако именно под его командованием алжирскому флоту, теперь ставшему западным дивизионом турецкого флота, в 1534 году был предоставлен город и порт Тулон в качестве зимних квартир. Так было реализовано соглашение между султаном Сулейманом и королем Франции Франциском I. В соответствии с этим соглашением турецкие военно-морские силы сотрудничали с французским флотом, совершая набеги на испанские владения в Италии и других местах. Хайр ад-Дин умер в 1547 году и был похоронен в усыпальнице, которая по его приказу была построена в Бешикташе на Босфоре. Его репутация была такова, что усыпальница стала местом паломничества. Ее в обязательном порядке посещали морские командиры перед уходом в море.
По словам испанского монаха Хаэдо, который не был поклонником мусульман, Хайр ад-Дин был человеком большой силы духа, смелым и всегда готовым идти на риск, великодушным, очень либеральным и жестоким только в войне и если ему не подчинялись. Его любили, боялись и слушались подчиненные и горько оплакивали его смерть.
Во время отсутствия Хайр ад-Дина в Алжире (когда он выполнял обязанности капудан-паши) там правил сначала его «заместитель» — Хасан-ага, вывезенный еще ребенком с Сардинии, а потом сын Хайр ад-Дина, которого звали тоже Хасан, назначенный правителем после смерти отца (1547–1551, 1555–1567). Когда должность занимал Хасан-ага с Сардинии (1536–1543), имело место нападение на Алжир флота Карла V (1541), возглавляемого им лично. Он привел 500 кораблей и 24.000 солдат. Нападение стало катастрофой для испанцев. Мусульманам помогла непогода, уничтожившая большую часть флота. Последовавшая вскоре после этого попытка свергнуть правителя Тлемсена из Зайанидов, который, воспользовавшись возможностью, отрекся от них, имела только временный успех. Позже успешная турецкая контратака против вторжения марокканского принца, желавшего получить выгоду от испано-турецкого конфликта и дошедшего до Мостаганема, в 1552 году установила в Тлемсене алжирское правление. В этот момент, однако, Хасан ибн Хайр ад-Дин был сменен на месте правителя Алжира адмиралом по имени Салих-Рейс. Вероятно, это произошло по требованию французских союзников султана, с которыми Хасан, в отличие от его отца, был не слишком расположен сотрудничать. Салих-Рейс, зарекомендовавший себя опытным командиром на суше и на море, сначала двинулся на юг и заставил жителей оазисов Уаргла и Туггурт платить дань, а потом вмешался в гражданские войны Марокко, где сменил Ваттасида Абу Хасуна на троне Феса (1554). В качестве части оплаты за свои услуги он получил Пеньон-де-Велес-де-ла-Гомера, который на десять лет стал передовой базой для набегов на испанское побережье и судоходство. Двигаясь на восток, Салих-Рейс снова завоевал Бужи, тем самым положив конец 45-летней испанской оккупации. После его внезапной смерти от чумы в следующем году Порта назначила правителем некого Мехмеда Текелерли. Однако алжирский гарнизон не пожелал его принять, и вскоре после прибытия из Константинополя он был убит в ходе восстания, после чего Портой был снова назначен Хасан ибн Хайр ад-Дин.