Но ссылка в Сибирь была заменена на Ставрополь. И там, по ее же словам, в райском месте, она провела в монастыре два года. Затем она жила в монастырях в Одессе, Полтавской, Нижегородской и Тамбовской губерниях. А в 1893 году за казенный счет отправилась в Иерусалим, где жила три года.
Первым возбудил дело Лебедев, заявивший прокурору Петербургского окружного суда А. Ф. Кони о том, что игуменья Митрофания совершила подлог векселей от его имени на сумму 22 тыс. рублей. К заявлению не могли не отнестись с сомнением. А. Ф. Кони писал: «…Митрофания, стоя во главе различных духовных и благотворительных учреждений, имея связи на самых вершинах русского общества, проживая во время частых приездов своих в Петербург в Николаевском дворце и появляясь на улицах в карете с красным придворным лакеем, по-видимому, могла стоять вне подозрений в совершении подлога векселей». Тем не менее факты, приводимые Лебедевым, были настолько убедительными, что пришлось начать следствие. Назначенная по делу каллиграфическая экспертиза установила, что векселя выполнены рукой Митрофании.
Гораздо более широкий размах преступные действия Митрофании имели в Москве. Потерпевшая Медынцева отличалась пристрастием к алкоголю и расточительной жизнью, в связи с чем над нею была учреждена опека. Медынцеву опека сильно стесняла и поэтому она стремилась избавиться от нее. На этой почве и произошло знакомство Медынцевой с игуменьей Митрофанией. Обещая с помощью своих связей добиться снятия опеки, Митрофания обманным путем выманила у Медынцевой векселя и бланковые надписи, заполнила их с указанием дат, предшествующих учреждению опеки, и с помощью своего сообщника опекуна Макарова получила из опекунского управления свыше 300 тыс. рублей. Еще более крупные мошеннические действия совершила Митрофания в отношении Михаила Солодовникова. От его имени были составлены подложные векселя, изготовлены расписки и другие денежные документы на сумму более 1,5 млн. рублей.
В предъявленных ей обвинениях Митрофания виновной себя не признала, утверждая, что все полученные ею деньги и денежные документы являлись добровольными пожертвованиями в пользу возглавляемого ею монастыря.
Значительная роль в изобличении Митрофании принадлежала каллиграфической экспертизе. Заключения экспертов показали, что невзирая на эмпирический их характер, опыт и огромный труд способны в отдельных случаях помочь открытию истины.