Дотошные исследователи выяснили, что Филин был арестован в конце мая 1941 года. Вот что пишет по этому поводу М.С. Солонин:
«
А потом дело авиаторов стало стремительно пополняться фигурантами. Через несколько дней после Филина арестовали генерал-майора Э.Г. Шахта, участника боев в Испании, ставшего там Героем Советского Союза. Еще через неделю взяли еще одного «испанца», тоже Героя Советского Союза Н.Н. Пумпура, на следующий день пришли за комдивом Н.Н. Васильченко, помощником генерал-инспектора ВВС.
4 июня 1941 года арестовали генерал-майора П.П. Юсупова, заместителя начальника штаба ВВС КА. В тот же день арестованы два сотрудника Научно-испытательного полигона ВВС С.Г. Онисько и В.Я. Цилов.
«Урожайным» для Органов был день 7 июня – ими арестованы начальник управления ПВО страны генерал-полковник Г.М. Штерн, Герой Советского Союза, получивший это звание в Испании; А.А. Левин, заместитель командующего ВВС Ленинградского округа; и наконец, Б.Л. Ванников, нарком вооружения – ему удастся вырваться из объятий любимого вождя и он впоследствии станет руководителем Атомного проекта.
На следующий день арестовали главкома ВВС Я.В. Смушкевича, одного из пяти дважды Героев Советского Союза. Потом пришел черед А.Д. Локтионова, зам. наркома обороны, командующего Прибалтийским ВО, К.М. Гусева (Дальневосточный ВО), П.А. Алексеева, начальника управления авиационного снабжения РККА.
Грянула война, но вал арестов не прекращался. 24 июня 1941 года арестован тот самый П.В. Рычагов, Герой Советского Союза, главком ВВС, который якобы сказал Сталину нелестные слова о самолетах, поступающих на вооружение.
27 июня 1941 года Органы широким неводом прошлись по командному составу ВВС: начальник штаба ВВС генерал-майор П.С. Володин, Герой Советского Союза генерал-лейтенант И.Н. Проскурин, генерал-лейтенант Е.С. Птухин.