В ходе дальнейших дипломатических переговоров между СССР, США, Великобританией, Китаем, Францией, Австралией, Канадой, Новой Зеландией и Голландией было достигнуто соглашение о том, что главных военных преступников Японии будет судить трибунал, состоящий из представителей этих девяти государств. Позже к соглашению присоединились Индия и Филиппины. Из представителей названных 11 стран и был сформирован Международный военный трибунал для Дальнего Востока.
На Московском совещании министров иностранных дел Советского Союза, Соединенных Штатов Америки и Великобритании, проходившем в декабре 1945 года, было принято решение о том, что Главнокомандующий союзных держав в Японии будет проводить все мероприятия, необходимые для осуществления условий «капитуляции, оккупации и контроля над Японией». К данному решению присоединился и Китай.
Следует еще раз подчеркнуть, что это решение имело весьма важное значение: оно предоставляло Главнокомандующему союзных держав и американских оккупационных войск в Японии генералу Дугласу Макартуру огромные права по осуществлению условий капитуляции, оккупации и контроля над Японией, включая порядок организации и работы Международного военного трибунала для Дальнего Востока. И хотя Me-ждународный трибунал в Токио создавался на основе нюрнбергских принципов, его Устав, подготовленный в основном американскими юристами и утвержденный Макартуром, существенно отличался от Устава Международного военного трибунала в Нюрнберге, что, несомненно, сказалось на ходе и результатах токийского процесса.
Устав Международного военного трибунала в Нюрнберге был выработан на основе соглашения между правительствами четырех держав его участниками. Статья 1 этого устава гласила:
«В соответствии с Соглашением, заключенным 8 августа 1945 г. между правительствами Союза Советских Социалистических Республик, Соединенных Штатов Америки и Соединенного Королевства Великобритании и Северной Ирландии и Временным правительством Французской Республики, учреждается Международный военный трибунал <…> для справедливого и быстрого суда и наказания главных военных преступников „европейских стран Оси“».
В отличие от Нюрнбергского, организация Международного военного трибунала в Токио поручалась Главнокомандующему генералу Дугласу Макартуру.
Как писала в своей книге «Хризантема и меч» (1946) американский специалист по социопсихологии Рут Бенедикт, которая в годы войны по заданию Службы военной информации США занималась изучением японской национальной психологии, чтобы создать руководство для американских военных и гражданских чиновников после капитуляции Японии, центральным стал вопрос о характере оккупации.
«Должны ли победители использовать существующее правительство, даже императора, или же нужно их ликвидировать? Надо ли во главе каждого города и района ставить американских офицеров? В Италии и Германии на местах создавались штабы оккупационных властей в составе боевых подразделений, и полномочия для решения вопросов местного управления были сосредоточены в руках союзнической администрации. После капитуляции Японии многие хотели установить здесь аналогичный порядок. Японцы не знали, какую долю ответственности за их внутренние дела сохранят за ними. В Потсдамской декларации говорилось только, что „пункты на японской территории, которые будут указаны союзниками, будут оккупированы для того, чтобы обеспечить достижение основных целей“ и что навсегда должны быть устранены „власть и влияние тех, кто обманул и ввел в заблуждение народ Японии, заставив его идти по пути всемирных завоеваний“.
В директиве ВМС США генералу Макартуру говорилось, что ответственность за управление страной и ее реконструкцию возлагается на самих японцев. „Верховный командующий будет осуществлять свою власть через посредство японской правительственной машины, включая императора, с учетом того, что это удовлетворительно способствует целям Соединенных Штатов. Японскому правительству будет разрешено в соответствии с его [генерала Макартура] инструкциями осуществлять обычные права правительства во внутренней администрации“».
Таким образом, отмечает Бенедикт в своем исследовании, администрация генерала Макартура в Японии совсем не была похожа на аналогичные ей администрации в Италии и Германии. Это – исключительно штабная организация, использующая снизу доверху японское чиновничество. Она обращалась только к японскому правительству, а не к японскому народу и не к жителям какого-либо города или района. Ее обязанность – ставить цели перед японским правительством, над достижением которых оно должно работать.