Кроме обращения славянских племен в христианство константинопольские патриархи старались придать единообразие ортодоксальной вере. Во время персидских вторжений 611–619 гг. многие христиане-монофизиты в восточных провинциях, отказывавшиеся принять формулировки Халкедонского собора 451 г., не поддерживали имперские силы, утверждая, что зороастрийский режим будет терпимее, чем византийский. Религиозные противоречия породили политические проблемы. Используя определения, призванные привлечь на свою сторону монофизитские сообщества, патриарх Сергий I и его преемник Павел II в 634, 638 и 648 гг. издали ряд теологических трудов, которые распространили споры о природе Христа на проблему его энергии и воли. Но монофелитская доктрина (о единоволии Христа) вызвала ожесточенные возражения и в Византии, и на Западе, и никак не повлияла на монофизитов.
Поиск более ясных теологических определений, вероятно, добавил импульс распространению ислама, подрывая уверенность Византии. Христианские власти Константинополя, решительно объявляя новые откровения ислама ересью, с тревогой вопрошали, почему Бог позволил неверным выиграть так много сражений. Все попытки объединить монофизитские церкви с Константинополем ослаблялись мусульманскими завоеваниями. Арабы легко захватывали районы, поддерживавшие иерархии конкурирующих церквей и епископов. Многие перешли в ислам. Некоторые христианские сообщества, сохранившие лояльность Константинополю, иногда называют мелькитскими – от сирийского слова «царь, император». В условиях правления ислама все сохранившиеся христиане были защищенными людьми –
Официальная кампания, имевшая целью навязать монофелитство, привела к гонениям ортодоксальных конкурентов. Византийский монах Максим Исповедник и папа Мартин I были привезены в Константинополь, привлечены к суду и приговорены к изгнанию. Папа умер в ссылке в Херсонесе, а Максима изувечили и долго переводили из одной темницы в другую, при этом он терпел жесточайшие лишения. Их труды сохранили информацию об этой теологической катастрофе, в которую был вовлечен папа Гонорий и несколько известных константинопольских патриархов.
Монофелитство было осуждено на VI Вселенском соборе, созванном Константином IV в 680 г. Император лично председательствовал на многих его заседаниях, когда цитировались тексты в поддержку теологии единоволия, затем анализировались и объявлялись неверными. Он приказал, чтобы все копии этих писаний были сожжены, за исключением одного экземпляра, который следовало держать под замком в патриаршей библиотеке ересей. Эта процедура подтвердила жизненно важную роль церкви в поддержке имперской структуры правительства. В свою очередь, ортодоксальные императоры использовали церковные соборы для консолидации своего династического правления.
В 692 г. Юстиниан II собрал еще один собор, обычно называемый Трулльским. Он заседал в помещении Большого дворца со сводами, так называемыми труллами, отсюда и название. Собор должен был унифицировать и дополнить нормы церковного права. Это собрание 211 епископов, включая представителей пяти больших патриархий, приняло 102 канона, призванные установить более связные определения веры и обновить правила для единообразного поведения. Были осуждены многие дохристианские действа, такие как празднование календ, а также фестивали 1 марта с народными танцами, переодеваниями и использованием театральных масок. Также осуждалось обращение к Дионису во время выжимания сока из винограда, предсказывание любыми способами будущего или судьбы. Очевидно, уничтожить старые традиции было совсем не легко.