После войны батальон передислоцировали во Владивостокскую крепость, где он вскоре принял участие во вспыхнувших революционных восстаниях армейских частей гарнизона. Выступления фронтовиков были подавлены, в числе «опасных» частей, переводимых из крепости в другие пункты дислокации, 1-й Восточносибирский саперный батальон был переброшен в Никольск-Уссурийский. Начались аресты, суды и расстрелы. Поручик Д.М. Карбышев был обвинен в «укрывательстве бунтовщиков и побуждении к тому своих подчиненных». Обвинение было более чем серьезное. Только выдающиеся боевые заслуги спасли его от расправы.
Многие до сих пор считают, что Дмитрию Михайловичу в августе 1906 г. пришлось пережить суд Общества офицеров и что именно по решению суда он вынужден был оставить службу. Если бы все было именно так, то на его военной карьере был бы раз и навсегда поставлен жирный крест. Сам Д.М. Карбышев так вспоминает об этом: «Угроза предания суду по обвинению в агитации среди солдат вынудила меня в 1906 году уйти с военной службы».
Гражданским человеком он с трудом нашел работу в чертежной мастерской во Владивостоке. Недолго проработав частным чертежником, к осени 1907 г. он был призван на военную службу с присвоением воинского звания штабс-капитана. В это время для обслуживания города-крепости формировался саперный батальон, а комплектованием его занимались военные инженеры. Однако более чем «практикой» время службы командиром саперной роты во Владивостоке его фортификационную деятельность в крепости назвать нельзя, да и длилась она чуть более полугода, из которых помимо служебных забот масса времени уходила на подготовку к поступлению в академию.
Маршал Советского Союза Баграмян в одной из своих статей о Карбышеве привел его слова: «Полгода длилась моя фортификационная практика во Владивостоке», а свидетельства очевидцев говорят о том, что возвратившийся с «гражданки» офицер проявлял недюжинную инженерную хватку.
Произошло и другое событие в жизни Карбышева. Он женился на влюбившейся в него и вызвавшей глубокое ответное чувство Алисе Карловне Троянович.
Весной 1908 г. он был вызван в штаб Приамурского военного округа для сдачи промежуточных экзаменов, а осенью уже держал экзамен в Николаевскую инженерную академию, после чего уехал в столицу на учебу с молодой женой.
По окончании академии за дипломный проект по фортификации «Крепость Владивосток» экзаменационная комиссия присудила Д.М. Карбышеву премию имени героев Порт-Артура генерал-майора Р.И. Кондратенко и его сподвижников – офицеров инженерного корпуса.
Потом были Первая мировая война, которую Карбышев закончил в звании подполковника, Гражданская и, наконец, Великая Отечественная война.
Генерал Карбышев попал в плен в августе 1941 г., пробиваясь из окружения из Гродно. При переправе через Днепр Карбышев был контужен, находился в бессознательном состоянии, и, не будь он в генеральской форме, его бы добили, а тут в плен попал сам генерал, а это успех, ведущий к наградам.
Участник обороны Брестской крепости Герой Советского Союза Гаврилов передал слова Карбышева: «Как меня захватили в плен – не знаю. Если бы был в сознании, то живым не дался бы». Генерал Карбышев за три с половиной года плена прошёл все круги ада фашистских концентрационных лагерей в Бреслау, Замостье, Хаммельбурге, Регесбурге, Маутхаузене… Впервые стало широко известно о гибели Карбышева через год после ужасного фашистского акта вандализма.
13 февраля 1946 г. в английском военном госпитале под Лондоном по требованию умирающего майора канадской армии Седдона де Сент-Клера, священник и приглашенные сотрудники репатриационных служб, в том числе Советского комитета зафиксировали завещание: «Я прошу вас записать мои показания и переслать их в Россию. Я считаю своим священным долгом беспристрастно свидетельствовать то, что я знаю о генерале Карбышеве. Я исполняю свой долг обыкновенного человека перед памятью Великого человека. Мне осталось жить совсем недолго, и меня беспокоит мысль, чтобы вместе со мной не ушли в могилу известные мне факты героической жизни и трагической гибели советского генерала, благодарная память о котором должна жить среди людей.