После разгрома врага Ёритомо решил наконец избавиться от младшего брата Ёсицунэ, опасаясь за свое место верховного правителя. Сделать это было легко, так как Ёсицунэ был оклеветан, обвинен в своеволии и измене, выставлен в качестве противника двора. Верил в навет Ёритомо или нет, но Ёсицунэ со своей славой, почти всеми победами, принадлежавшими ему в гражданской войне, явно уже был не нужен. Сражаться было не с кем. Поэтому без зазрения совести Ёритомо приказал убить своего младшего брата. Начались преследования и погони. На время Ёсицунэ удалось скрыться от врагов у друга его семьи Фудзивары Хидэхиры, вассала дома Минамото, на севере Хонсю в одном из его поместий в провинции Муцу, но тот весной 1189 года умер. Перед смертью Хидэхира завещал передать Ёсицунэ управление своей феодальной армией и провинцией. Но вопреки воле покойного, власть в провинции захватил его сын Ясухира. Сын старика, следуя якобы приказу императора и желая выслужиться перед правителем, напал со своими вассалами на Ёсицунэ в его убежище около реки Коромо. Все друзья и телохранители Ёсицунэ в неравной схватке были перебиты. Последним защитником героя был бесконечно преданный ему Бэнкэй, который, защищая хозяина своей огромной алебардой, был поражен десятками стрел. Сам Ёсицунэ, чтобы не попасть к предателям в плен, пошел по пути славной смерти: убил мечом двадцатидвухлетнюю жену, свою четырехлетнюю дочь и совершил обряд сэппуку.
Голову Ёсицунэ в сосуде с сакэ вассалы Ясухира отвезли Ёритомо. Считалось, что голова врага, доставленная сюзерену, является свидетельством доблести и знаком победы над недругом. Даже если самурай сам совершил самоубийство. Часто это проверить было невозможно. За такую «смелость» Ёритомо не похвалил сына Фудзивары, а ввел свое непосредственное правление во владении Ясухиры, лишив его всего. Еще через некоторое время Ясухира пал от руки своего же вассала-предателя.
Что касается Ёсицунэ, то кончина очень популярной личности увековечила его как одного из самых трагических героев Японии. Ёсицунэ стал постоянным персонажем драм в театрах но и кабуки.
Ёсицунэ любили и воины клана Минамото, и простолюдины, в связи с чем очень многие люди отказывались верить в его смерть. Гибель любимого героя, превратившегося в мифологическую личность, породила массу легенд, связанных с его чудесным спасением. Согласно одной из легенд, Ёсицунэ с острова Хонсю перебрался на Эдзо (Хоккайдо), где был принят аборигенным айнским населением и стал править им. Некоторые айны верили даже в свое происхождение от Ёсицунэ. В устной айнской фольклорной традиции Ёсицунэ часто отождествляется с небесным божеством Окикуруми (Аиойна камуй), боровшимся против зла, духов и плохих людей. Культурный герой Окикуруми являлся просветителем и учителем коренного населения Японских островов, с ним связывается также появление у айнов материальной и духовной культуры, навыков хозяйственной деятельности. Окикуруми якобы научил айнов не есть сырой пищи и отучил от людоедства. По другой легенде, Ёсицунэ достиг острова Сахалин и был убит там сахалинскими айнами. Однако самая оригинальная легенда говорит о том, как Ёсицунэ очутился в Монголии, получил там власть, уважение и что он и Чингисхан являлись одним и тем же лицом. Действительно, в судьбах этих двух знаменитостей много схожих черт. Даты их рождения приходятся на одно и то же время: Чингисхан родился около 1155 года, Ёсицунэ – в 1159 году. Оба были удачливыми людьми, способными и талантливыми полководцами, известными в народе и популярными в войсках. Но на этом совпадения заканчиваются. Людям всегда хотелось и хочется верить в чудеса.
Впоследствии Ёритомо «убрал», на всякий случай, и второго своего брата Нориёри, хотя его верховной власти никто не мешал и не угрожал и она уже и так была в его руках.
В 1192 году Минамото Ёритомо принял от малолетнего императора Го-Тобы титул Сэйи тай сёгун, то есть «Великий полководец, покоритель варваров» (под варварами подразумевались коренные жители Японского архипелага айны, с которыми японцы воевали уже несколько столетий; титул сёгун давался военачальникам, воевавшим с аборигенами только на время боев). Все было обставлено так, что Ёритомо получил титул сёгуна от императора на совершенно законных основаниях, признававшего де-факто военное правление Минамото. Титул сёгуна с этого времени стал наследственным. Главой сёгуната – военного правительства бакуфу (от «баку» – открытая, без верха, палатка, занавес и «фу» – главная ставка, управление) – был сам сёгун, считавшийся наместником императора, правившим Японией де-юре. Бакуфу представляло собой первое самурайское военное правительство, отражавшее интересы правящего сословия и служившее самурайству. Сёгуны, правившие после Ёритомо, преследовали якобы интересы императоров и исполняли их волю.
Ёритомо не стал переносить свою столицу в Киото, а оставил ее в своей бывшей военной ставке на востоке Хонсю в городе Камакура, превратившемся в центр политической деятельности Японии.