На территории США сотрудники корпуса во взаимодействии с военной полицией и ФБР незамедлительно приступили к выполнению задач по проверке военного персонала, имеющего доступ к информационным материалам ограниченного пользования, расследованию случаев саботажа, заговоров и диверсий на военных объектах и предприятиях оборонного комплекса, проявлений нелояльности, особенно направленных против американских военнослужащих со стороны лиц немецкого, а также итальянского и особенно японского происхождения. В соответствии с так называемым президентским чрезвычайным указом № 9066 от 19 февраля 1942 года военной контрразведке во взаимодействии с ФБР было предоставлено право «подвергать перемещению в зоны выселения» лиц «нелояльной национальности». Реально интернированию были подвергнуты в основном японцы, как американские граждане, так и те, кто не успел выехать за пределы США. В течение двенадцати месяцев, начиная с марта 1942 года, в семи штатах было открыто десять концентрационных лагерей, в которых содержалось более 120 тыс. японцев [23].
Военные контрразведчики на территории США в годы войны развернули активную деятельность, периодически выходившую за рамки даже законов военного времени. Отмечались неоднократные случаи вмешательства военных контрразведчиков в дела, военный аспект которых был явно второстепенным либо вообще надуманным, в связи с чем американским законодателям пришлось вмешаться и весьма существенно ограничить деятельность данной службы на территории США. Однако для военных контрразведчиков нашлось новое и, пожалуй, главное до окончания войны применение, связанное с реализацией так называемого Манхэттенского проекта по созданию ядерного оружия. Проявленные военной контрразведкой во взаимодействии с ФБР поистине титанические усилия на данном поприще тем не менее давали сбои, в результате чего имели место постоянные утечки информации, способствовавшие успеху ядерного проекта в СССР.
На весьма разобщенных театрах войны контрразведка ВС США действовала в тесной увязке с американской военной разведкой и разведкой союзников. Работа военных контрразведчиков в условиях, казалось бы, значительно отличавшихся по историческим традициям, государственному устройству, составу и менталитету расположенных на театрах стран, колоний и подмандатных территорий, характеру местности, метеоусловий, а также не в последнюю очередь военному устройству и особенностям противостоящих группировок войск и сил, не могла не иметь свои отличия. Вместе с тем задачи, стоявшие перед военной контрразведкой, фактически были идентичны: обеспечение успешных военных действий своих вооруженных сил и сил союзников путем нейтрализации агентуры противника, препятствующей осуществлению операций стратегического, оперативно-тактического и тактического масштабов, включая защиту от различного рода диверсий и саботажа на весьма протяженных коммуникациях. Все эти факторы по мере возможностей учитывались американским командованием, гибко реагировавшим на изменения обстановки, перенимавшим опыт и использовавшим рекомендации более искушенного в связи с богатым колониальным опытом британского союзника. При этом главная особенность, значительно осложнявшая руководство деятельностью американской военной контрразведки, заключалась в практически одновременном вовлечении вооруженных сил США в военные действия на Европейском (и примыкавшем к нему Североафриканском), а также Тихоокеанском театрах войны.
Вопреки устоявшемуся мнению о якобы нежелании американцев открывать второй фронт в Европе, уже начиная с середины 1942 года США начали методично наращивать свой потенциал в Великобритании и прилегающих к Европейскому континенту регионах с тем, чтобы реализовать его в случае формирования благоприятных политических и стратегических условий.