Британское правительство резко сократило расходы на оккупационные нужды в Афганистане, а это больше миллиона фунтов стерлингов в год, в результате снизились субсидии, которые выплачивались некоторым ханам и вождям племен. И они начали думать: а стоит ли дальше поддерживать Шуджу? В ноябре 1840 года в ущелье Парван Дора таджикское ополчение разгромило англичан, их потери были небольшие, но им пришлось отступить. И в это же время восточногильзайские отряды заняли горные проходы между Кабулом и Джелалабадом, а по ним шло тыловое обеспечение англичан. И зимой 1840/1841 года в связи с трудностями снабжения войск английским войскам стали отдавать на разграбление целые округа. Офицер из Кандагара писал летом 1841 года своим друзьям:
Но надо сказать, что в Кабуле англичане чувствовали себя отлично, и никто не видел надвигающейся бури. Подумаешь, восстания, бои местного значения. Они это видели и в Индии. И ничего, пережили. Многие офицеры по примеру начальства перевезли сюда жен и детей. Офицеры устраивали развлечения, от крикета до концертов, от скачек с препятствиями до катания на коньках. В этом участвовала местная аристократия. Распутство и пьянство вызывало невероятное негодование мусульманского духовенства и религиозного местного населения. Александр Бернс особенно раздражал кабульскую знать – он жил в прекрасном доме, окружив себя прекрасными наложницами. Что для афганцев было верхом оскорбления, ведь все девушки были местные.
В конце сентября 1841 года племенные вожди впервые встретились, чтобы договориться о совместной войне против англичан и Шуджи. Англичане про заговор узнали, но ничего не сделали. Макнатен вообще досиживал в Кабуле последние месяцы, его ждал пост губернатора Бомбея. Фактически восстание началось еще в сентябре в Кандагаре, и на пути в Джелалабад афганцы стали атаковать англичан. Вечером 1 ноября 1841 года помощник и друг Александра Бернса, кашмирец Мохан Лал, предупредил его, что ночью на англичанина будет совершено покушение. Бернс отмахнулся от предупреждений.
Наконец 2 ноября в Кабуле начались волнения. Толпа собралась у дома Бернса. Уильям Макнатен немедленно созвал своих военных советников и начал решать, что же делать. Командующий гарнизоном генерал Уильям Эльфинстон отказывался применять войска, Макнатен настаивал. Пока они обсуждали ситуацию, толпа пошла на штурм дома Александра Бернса. Вся охрана, индийские сипаи, погибли в бою, Бернс был растерзан толпой, изуродованное тело захоронил в саду его товарищ-афганец. Все это происходило, когда в английском лагере находились 6 тысяч солдат, но со стороны генерала Эльфинстона так и не последовало никакого распоряжения, ни один британский офицер не пришел на выручку не только Бернсу, но и английским блокпостам, которые уничтожали поодиночке. Как результат, уже 3 ноября все афганцы знали – англичане испугались. Шах-Шуджах заперся в Бала-Хиссаре, у английских войск захватили большую часть их провианта и боеприпасов. 22 ноября Акбар-хан, сын Дост Мухаммеда, вступил в Кабул во главе народного ополчения.