Структура теории ВМФ согласовывается со структурой военной науки, учитывая при этом специфичность применения сил ВМФ, многообразие и сложность внутренних связей элементов теории ВМФ. Кроме того, как и в военной науке, в военно-морской науке в ее общетеоретической, структурной части используются многие науки и знания, которые в нее непосредственно не входят, однако служат решению ряда важных проблем, связанных с теорией. Это прежде всего область научных познаний океанической среды и технические науки, обслуживающие кораблестроение. При детальном рассмотрении структуры теории ВМФ необходимо учитывать и ее специфические особенности, в первую очередь связанные со средой, в которой протекает вся деятельность флота, - особую зависимость его от климатических, метеорологических и гидрологических условий различных регионов Мирового океана.
В структурную часть целесообразно включить и теорию многофункциональных систем, военно-морскую прогностику и методологию научных исследований в ВМФ, а также теорию информационного противоборства и основы сбалансированности флота. Общетеоретические основы являются основным фундаментом военно-морской науки, на базе которого идут разработки всех ее элементов. На основе законов войны и вооруженной борьбы на море ведется разработка принципов военно-морского искусства. Смена материальной базы ведения войны на море непосредственно влияет на принципы военно-морского искусства и теорию управления силами флота. Элементы самой военно-морской науки находятся в тесной взаимосвязи, которую необходимо также учитывать при разработке теории. Просчет во взаимосвязях может значительно снизить эффективность применения сил флота. Так, Советский Союз, открыв эру строительства крылатых ракет, упустил создание информационного поля и системы целеуказания, то есть не сформировал многофункциональную боевую систему применения противокорабельных ракет, где корабль должен выступать элементом комплексного огневого поражения. В строительстве кораблей ВМФ были допущены серьезные упущения - например, отсутствовала интеграция оружия и технических средств в единую боевую корабельную систему, где корабль является элементом боевой системы.
Общетеоретические основы военно-морской науки тесно взаимосвязаны с теориями всех видов вооруженных сил, с общей военной теорией, что позволяет создать систему вооруженной борьбы во всех сферах, с учетом общих законов и категорий вооруженной борьбы. Если в прошлых войнах существовало четкое разделение родов войск и сил флота, то в войнах шестого поколения идет сращивание форм вооруженной борьбы в единую систему. Так, например, в ходе воздушно-космическо-морской ударной операции, проводимой с целью срыва ударов высокоточного оружия противника, должна строиться единая система борьбы, начиная с морской операции по уничтожению корабельных группировок и противолодочной операции по уничтожению атомных подводных лодок и заканчивая противовоздушной и противоракетной обороной по уничтожению носителей и ракет. Это совершенно новая, уникальная система вооруженной борьбы, и проходит она в форме противокосмической, противовоздушной морских операций и систематических боевых действий в условиях радиоэлектронной борьбы. Ясно, что управление силами и средствами в противовоздушной космической морской операции должно быть единым.
Таким образом, нужна единая теория совместной воздушно-космическо-морской оборонительной операции, состоящая из теории видов вооруженных сил на базе общих законов войны и вооруженной борьбы.
Важным элементом теории является военно-морская прогностика, которая, будучи одной из научных основ управления процессом развития, приобрела особое значение сейчас, когда резко возросли темпы смены поколений всех вооружений и их стоимость. Если в эпоху парусных флотов вооружение не изменялось практически в течение столетий, то в современных условиях за несколько десятилетий в США, например, создано шесть поколений морских стратегических вооружений.
Теория прогнозирования связана с теориями строительства ВМФ и развитием военно-морского искусства, ибо она решает как инженерные, так и проблемы вооруженной борьбы. Во всех случаях она опирается на конкретные и реальные достижения науки, техники и производства. Большую роль в прогнозировании играют фундаментальные науки, особенно для долгосрочных прогнозов.
Естественно, первичным является прогнозирование в области развития техники и оружия, вторичным - вопросы военно-морского искусства. В то же время военно-морское искусство оказывает большое влияние на направление инженерных поисков. В центре исследований находятся комплексные системы вооружений, основу которых составляют корабли и авиация.
При прогнозировании учитывается необходимость параллельного развития флота и его обширной инфраструктуры (военно-морских баз, различных систем связи, навигации, систем управления и др.).