С 1997 по 2000 г. работал президентом ЗАО «Футбольный клуб "Зенит"». При Мутко 25 процентов акций «Зенита» были проданы дочерней компании «Газпрома» «Лентрансгаз». совладельцы «Зенита» — структуры банка МДМ, сам Мутко и др. После ухода Мутко из «Зенита» 70 % акций ФК «Зенит» оказались у некоммерческого партнерства «Банкирский дом Санкт-Петербург», которое в декабре 2005 г. продало их «Лен-трансгазу» (гендиректор Сергей Фурсенко, ставший в 2005 г. президентом «Зенита»)
В 1998 г. выдвигался от группы избирателей в Законодательное Собрание Санкт-Петербурга по округу № 15; избран не был.
С 2001 по 2003 г. — президент Российской Футбольной Премьер-лиги.
После избрания губернатором Санкт-Петербурга Валентины Матвиенко был 30 октября 2003 г. был назначен представителем правительства Санкт-Петербурга в Совете Федерации (был переутверждён на новый срок в феврале 2007 г.). Был членом комитета СФ по делам Федерации и региональной политике и комиссии по делам молодежи и спорту. 28 апреля 2004 г. избран первым заместителем председателя комиссии СФ по делам молодежи и спорту, с 9 июня 2004 г. — председатель комиссии. 24 марта 2006 г. переведён из комитета СФ по делам Федерации и региональной политике в комитет СФ по социальной политике.
2 апреля 2005 г. избран президентом Российского футбольного союза (РФС) вместо ушедшего в отставку Вячеслава Колоскова. Занимал этот пост до ноября 2009.
В начале марта 2007 г. Российская профессиональная футбольная лига (РФПЛ) подписала договор о продаже прав трансляций чемпионата России по футболу с телекомпанией «НТВ-Плюс». 7 марта 2007 г. президент Путин заявил, что контракт между «НТВ-Плюс» и РФПЛ ущемляет интересы простых болельщиков и поручил первому вице-премьеру Дмитрию Медведеву решить эту проблему. «"НТВ-Плюс" вместе с Российским футбольным союзом и его председателем Мутко намутили в очередной раз и хотят отнять у нас, рядовых болельщиков, возможность бесплатного просмотра футбольных матчей», — сказал Путин. В тот же день В.Мутко заявил в радиоинтервью, что контракт может быть изменен.
В мае 2008 г. назначен министром спорта, туризма и молодёжной политики РФ в правительстве Путина.
С 24 ноября 2009 г. — председатель попечительского совета РФС. Со стороны правительства РФ является куратором подготовки проведения чемпионата мира по футболу 2018 г., который пройдет в России.
При формировании правительства Медведева в мае 2012 название министерства было изменено на Министерство спорта. Мутко остался министром.
2 сентября 2015 г. был единогласно был избран новым руководителем Российского футбольного союза. Официальное удостоверение ему вручил исполнявший с конца мая обязанности президента союза Никита Симоньян. По словам Мутко, первоочередной задачей союза должно стать решение его экономических проблем. На момент избрания долги РФС достигли полутора миллиардов рублей. В 2016 г. Мутко предложил реформу РФС — сделать его более компактным, сократив численность членов как минимум на треть. Реформа натолкнулась на сопротивление футбольных клубов: они полагали, что изменения, увеличивая полномочия президента, уменьшают их вес в РФС.
Осенью 2015 г. разразился скандал, связанный с применением допинга российскими спортсменами. На пресс-конференции глава комиссии антидопингового агентства Ричард Паунд заявил: «Не может быть, чтобы министр спорта Виталий Мутко не знал о происходящем. А значит, он замешан. Вполне возможно, что мы имеем дело с наследием советской системы»[86].
В январе 2016 г., комментируя скандал с применением допинга, Мутко заявил: «Деятельность ВФЛА [федерации легкой атлетики] приостановлена, нас выдвинули за дверь, виновата здесь не только ВФЛА, но и государственные органы».
Является президентом специального олимпийского комитета Санкт-Петербурга и Общественного благотворительного движения «Золотой пеликан». Член попечительского совета Образовательного центра «Сириус» в Сочи (председатель совета — Владимир Путин).
Кандидат экономических наук (2006). Диссертацию защитил в Санкт-Петербургском государственном университете экономики и финансов на тему: «Соотношение рыночных и государственных регуляторов в развитии физической культуры и спорта».
Награждён орденами «За заслуги перед Отечеством» III (2014) и IV степеней (2008); Почета (1994); Дружбы (2002).
Заслуженный работник физической культуры РФ (2002).
Женат, жена — Татьяна Ивановна Мутко. В 2007–2009 гг. Татьяна Мутко была генеральным директором ЗАО «Виталема». Основной деятельностью предприятия указаны снос и разборка зданий, а также земляные работы. Фирма стала собственником акций ЗАО «Футбольный клуб «Зенит» (12 % в 2001 г.), а также других юридических лиц, связанных с этой футбольной командой (ЗАО «Торгово-промышленная компания «Зенит», ЗАО «Торговый дом «Зенит»), Сейчас «Виталема» является основным владельцем ООО «Конно-спортивный клуб «Зенит»[87].
Две дочери.
Согласно декларациям доходов и имущества заработал:
— в 2009 году 9.353.168 руб. (около 780 тыс. руб. в месяц);
— в 2010 году 6.811.804 руб. (около 568 тыс. руб. в месяц);