В 2001 г. от имени России требовал в ООН упразднения Международного уголовного трибунала для бывшей Югославии как занимающего необъективную, антисербскую позицию.
С.Лавров отказался выполнять распоряжение генерального секретаря ООН Кофи Аннана, который ввел запрет на курение в штаб-квартире ООН. Назвал генерального секретаря «нанятым менеджером», который не имеет права отдавать распоряжения представителям дипломатических миссий, и демонстративно продолжал курить в специальных местах, отведенных в свое время решением Генеральной ассамблеи ООН.
С 9 марта 2004 г. — министр иностранных дел РФ. Сменил на этом посту Игоря Иванова. При назначении министром якобы поставил условие, чтобы каждый год президент отпускал его в байдарочный поход, и чтобы никакие телохранители его там не сопровождали.
С 2004 г. — председатель Совета глав субъектов РФ при МИД России.
С апреля 2004 г. является постоянным членом Совета безопасности РФ.
С 16 апреля 2004 г. — председатель комиссии РФ по делам ЮНЕСКО.
10 сентября 2004 г., вскоре после захвата заложников в Беслане, заявил в интервью телекомпании «Аль-Джазира» о невозможности выполнения каких-либо требований террористов.
18 февраля 2005 г., находясь с визитом в Тбилиси, отказался посетить мемориал грузинских военных, погибших за территориальную целостность Грузии (это посещение входит в список протокольных мероприятий официальных визитов любого иностранного гостя). В ответ МИД Грузии заявил, что снижает уровень визита с официального до рабочего.
С 2005 г. возглавляет правительственную комиссию по делам соотечественников за рубежом.
14 сентября 2008 г. по вопросу о переходе к назначению губернаторов заявил, что считает странным, что мир воспринимает в качестве отхода от демократических ценностей любые действия, которые не согласуются с понятием демократии только в «одной конкретной стране»: «Мы же не критикуем такие "отходы" от норм демократии, как непрямые выборы президента в США. Поэтому наши программы, наши процессы и проекты — тоже внутреннее дело нашей страны».
Во время военного конфликта в Южной Осетии в августе 2008 г. Лавров неоднократно выступал с резкими заявлениями в адрес Грузии и Запада. 13 августа 2008 сказал о Михаиле Саакашвили, что он «больше не может быть вменяемым партнером по переговорам».
С 19 мая по 15 ноября 2006 г. занимал пост председателя Комитета министров Совета Европы.
В апреле 2011 г., выступая по случаю православной Пасхи, Лавров заявил, что «глобальный финансово-экономический кризис убедительно продемонстрировал невозможность выхода на путь устойчивого развития при опоре на идеи либерального капитализма».
В ноябре 2014 г., выступая в Госдуме, Лавров заявил, что на Украине при поддержке США и ряда европейских государств на Украине был совершен антиконституционный вооруженный переворот.
В декабре 2015 г. Лавров на переговорах с государственным секретарем США Керри достиг согласия о принципах урегулирования ситуации в Сирии. После этого Совет Безопасности ООН единогласно проголосовал за проект резолюции по сирийскому урегулированию.
Член Национального антитеррористического комитета (по должности).
С 9 октября 2006 г. — председатель попечительского совета Московского государственного института международных отношений (университета) МИД России.
Член попечительского совета фонда «Русский мир». Член наблюдательного совета фонда «Дети России». Почетный член Императорского Православного Палестинского Общества. Член попечительского совета программы «Восстановление памятника россиянам в Галлиполи (Гели-болу)», проводимой Фондом Андрея Первозванного
В 2007–2009 гг. руководил Федерацией гребного слалома России, затем возглавил ее попечительский совет.
Имеет дипломатический ранг Чрезвычайного и Полномочного Посла.
Награжден орденами Почета (2010), «За заслуги перед Отечеством» I, II, III и IV степеней (2015, 2010, 2005, 1998), Дружбы народов (Белоруссия; 2006), Дружбы (Вьетнам; 2009), Святого Месропа Маштоца (Армения; 2010), Достык I степени (Казахстан; 2012), Дружбы (Лаос). Является Кавалером Большого креста ордена «Солнце Перу» (2007).
Имеет ордена Русской православной церкви.
Заслуженный работник дипломатической службы РФ (2004).
Автор книги «Между прошлым и будущим. Российская дипломатия в меняющемся мире» (2011). Член редакционной коллегии журнала «США и Канада: экономика, политика, культура».
Владеет английским, французским и сингальским языками.
На протяжении многих лет занимается спортивным рафтингом (сплавом по горным рекам).
Увлекается игрой на гитаре, пишет стихи, автор текста гимна МГИМО.