С 1992 по 1995 гг. — ведущий экономист, главный экономист, начальник Отдела бюджетной политики и анализа Бюджетного департамента. заместитель руководителя Бюджетного департамента — начальник Сводного отдела консолидированного бюджета Минфина РФ.
С августа 1995 по январь 1996 гг. — заместитель начальника Бюджетного департамента — начальник Сводного отдела консолидированного бюджета, заместитель начальника Бюджетного департамента Минфина РФ.
С января 1996 по апрель 1997 гг. — заместитель начальника Бюджетного департамента, заместитель руководителя Бюджетного департамента Министерства финансов Российской Федерации.
С апреля 1998 по июль 1999 гг. — руководитель Бюджетного департамента, руководитель Департамента бюджетной политики Министерства финансов Российской Федерации.
22 июля 1999 г. — 27 августа 2002 г. — заместитель министра финансов РФ (министр — Михаил Касьянов в правительстве Сергея Степашина с августа 1999 г. — в правительстве Владимира Путина: с 2000 г. — министр финансов Алексей Кудрин в правительстве М.Касьянова). Курировала бюджетную политику и социальную сферу.
С 27 августа 2002 по апрель 2004 гг. — первый заместитель министра финансов (министр — А.Кудрин в правительстве М.Касьянова). Рассматривалась на пост социального вице-премьера после Валентины Матвиенко, но предпочтение было отдано Галине Кареловой.
С июля 2003 г. — член комиссии правительства РФ по административной реформе.
В связи с административной реформой 12 апреля 2004 г. Голикова была освобождена от должности первого замминистра финансов и назначена заместителем министра (министр — А.Кудрин в правительстве Михаила Фрадкова).
С мая 2004 г. — член правительственной комиссии по повышению результативности бюджетных расходов.
24 сентября 2007 г. была назначена министром здравоохранения и социального развития РФ (сменив на этом посту Михаила Зурабова) в новом правительстве Виктора Зубкова.
12 мая 2008 г. новый председатель правительства Путин переназначил Т.Голикову министром здравоохранения и социального развития. Была членом президиума правительства РФ.
СМИ обвиняли Голикову в связях с компанией «Фармстандарт» (основной владелец — Виктор Харитонин), которой министр якобы оказывала покровительство в борьбе с конкурентами. Лекарственные препараты, производимые «Фармстандартом» (например, арбидол), рекомендовались Минздравсоцразвития для лечения различных заболеваний[108]. В связи с этим получила в интернете прозвище «мадам Арбидол».
13 апреля 2011 г. детский доктор Леонид Рошаль в присутствии Владимира Путина выступил с развернутой критикой реформ здравоохранения, проводимых министерством под руководством Голиковой. Рошаль также заявил, что, поскольку он «человек прямой», не может не сказать, что «это беда, что в Минздравсоцразвития нет ни одного нормального опытного организатора здравоохранения». Эту реплику зал встретил аплодисментами[109].
В конце 2015 г. Федеральная антимонопольная служба выступила против проведения российских клинических испытаний зарубежных лекарств, прошедших такие испытания за границей. Принудительные локальные испытания как условие допуска на рынок — требование закона «Об обращении лекарственных средств», главным идеологом которого была Голикова. В результате российские пациенты оказались лишены многих современных эффективных лекарств, так как повысился барьер для входа на рынок.
В 2009–2012 гг. — председатель правления Федерального фонда обязательного медицинского страхования (ФОМС).
С 21 мая 2012 по 20 сентября 2013 гг. работала в администрации президента РФ, занимала должность помощника президента РФ (курировала социально-экономическое сотрудничество с Абхазией и Южной Осетией).
С 20 сентября 2013 г. — председатель Счетной палаты Российской Федерации.
В 2015 г. активисты ОНФ критиковали министра здравоохранения Веронику Скворцову, которая сменила Голикову в министерстве. Леонид Рошаль считал, что за критикой стоит Голикова. Он написал в своем Твиттере, что видит за этим аппаратную интригу: «Голикова всей своей мощью, используя ОНФ, Общественную палату и недостатки, которые сама родила, ударила по Скворцовой»[110].
20 октября 2015 г. в блоге «Шалтай-болтай» была опубликована переписка, которая, как утверждалось, принадлежала Голиковой. В ней обсуждались бриллианты, лечение за рубежом и косметические процедуры в европейских спа.
В октябре 2015 г., выступая в Государственной думе, Голикова раскритиковала выполнение антикризисной программы правительством Медведева. Она заявила, что из 60 пунктов антикризисного плана выполнено 17, частично — 21, не выполнено 22.
Председатель комиссий при президенте РФ по делам инвалидов и по делам ветеранов.
Заслуженный экономист РФ (2004).
Награждена орденами Почета (2006), Дружбы (2006), «За заслуги перед Отечеством» II, III и IV степеней (2016, 2012, 2008).
Вместе с мужем Виктором Христенко создала благотворительный фонд возрождения Успенского монастыря (Христенко — председатель совета фонда).