В феврале 1992 г. был избран членом президиума Центрального Совета и заместителем председателя правления антиельцинского Российского Народного собрания (РНС). учрежденного 9 февраля 1992 г. на Конгрессе гражданских и патриотических сил России, в котором принимали участие основные умеренно национал-патриотические организации.
На XII съезде КДП-ПНС в сентябре 1992 г. был вновь избран заместителем председателя партии, но с конца 1992 г. реального участия в деятельности КДП-ПНС не принимал, разойдясь с председателем партии М.Астафьевым (не одобрил его вступление в радикальнооппозиционный Фронт Национального Спасения, объединивший нацио-нал-патриотов и коммунистов).
В апреле 1992 г. основал умеренно-оппозиционный Союз возрождения России (СВР), став членом его политсовета. Первоначально СВР задумывался как объединение «молодых лидеров партий и движений правого центра». Осенью 1992 г. политсовет был преобразован в Оргкомитет Союза возрождения России, а 30 января 1993 г. на Учредительной конференции Рогозин был избран одним из сопредседателей Союза. СВР объединил относительно молодых активистов из партий, входивших в Российское Народное собрание и Гражданский союз (центристскую коалицию партий и депутатов во главе с Аркадием Вольским), а также из фракции Верховного Совета «Смена — Новая политика».
В марте 1993 г. создал Конгресс русских общин (КРО), который был задуман как структура, представляющая интересы русских и русскоязычных жителей стран «ближнего зарубежья». На Учредительном съезде КРО 29–30 марта 1993 г. был избран председателем исполкома. В состав Конгресса вошли русские землячества, общины и общественно-политические организации в национальных республиках Российской Федерации и некоторых бывших союзных республик.
В октябре 1993 г. перерегистрировал СВР как общественно-политическое Движение «Союз Возрождения» и стал его президентом. Вместе с Социалистической партией трудящихся (СПТ), Союзом женщин, Союзом казаков, Союзом нефтепромышленников и Российским Союзом трудовых коллективов, «Союз Возрождения» вошел в избирательное объединение «Отечество». В списке кандидатов в депутаты Государственной думы от избирательного объединения «Отечество» Рогозин стоял четвертым (часть подписей блока была признана Центризбиркомом недействительными и блок не участвовал в выборах). Баллотировался по одномандатному мажоритарному округу № 199, проиграл (8,44 %, 3-е место после Аллы Гербер и Владимира Лысенко).
В 1994 г. привлек к участию в КРО Юрия Скокова, а в 1995 г. — генерала Александра Лебедя. На учредительном съезде российской структуры КРО в апреле 1995 г. избран членом Национального Совета и председателем исполкома всероссийского КРО.
После начала первой Чеченской войны, 14 декабря 1994 г. призвал привлечь к суду за действия, носящие антигосударственный характер, Е.Гайдара, Г.Явлинского и других политических деятелей демократической ориентации, выступивших с акциями протеста.
В списке кандидатов от избирательного объединения КРО в депутаты Государственной думы второго созыва получил 5-е место (1-е место — Ю.Скоков, 2-е — Александр Лебедь). На выборах 17 декабря 1995 г. КРО, не преодолел 5-процентный барьер, получив, согласно официальным данным, 4,32 % голосов избирателей.
На съезде КРО 25–26 мая 1996 г. был избран вместо Ю.Скокова председателем Национального комитета КРО и стал председателем учрежденной 26 мая 1996 г. Русской Народной партии (РНП). Проект РНП был вскоре заморожен, ни в какой деятельности РНП не была замечена.
В феврале 1997 г. зарегистрировался кандидатом в депутаты Государственной думы РФ на дополнительных выборах по Аннинскому избирательному округу № 74 Воронежской области (на место Ивана Рыбкина, ставшего секретарем Совета безопасности). 23 марта 1997 г. был избран депутатом Государственной думы (37,91 %; ближайший соперник Юрий Дунаев — 25,59 %). В Думе второго созыва входил в депутатскую группу «Российские регионы», был заместителем председателя комитета по делам национальностей. 19 июня 1998 г. избран в состав специальной комиссии Государственной думы по оценке соблюдения процедурных правил и фактической обоснованности обвинения, выдвинутого против президента Российской Федерации (комиссия по импичменту).
В ноябре 1998 г. вошел в состав оргкомитета по созданию общероссийского политического общественного объединения (ОПОО) «Отечество» (лидер — Юрий Лужков), в декабре 1998 г. избран членом Центрального Совета ОПОО «Отечество».
В июне 1999 г. заявил о своих разногласиях с руководством «Отечества». В первую очередь несовпадение позиций было по вопросу об альянсе «Отечества» с движением «Вся Россия». Рогозин заявил, что Минтимер Шаймиев и Руслан Аушев для КРО — «сомнительные фигуры». Заявил, что КРО приостанавливает свое членство в «Отечестве».