6 июля 2004 г. на IV съезде партии «Родина» избран председателем партии (вместо семи прежних сопредседателей). За Рогозина проголосовали 257 из 258 делегатов при тайном голосовании. Председателем президиума партии стал депутат Госдумы Александр Бабаков, а секретарем политсовета — Ю.Скоков.
Очевидец событий в Беслане 1–4 сентября 2004 г., где оказался проездом из Южной Осетии. 9 сентября 2004 г. Рогозин сообщил, что фракция «Родина» инициировала в Госдуме сбор подписей для постановки вопроса о недоверии правительству.
13 января 2005 г. два десятка депутатов Государственной думы, в том числе 13 членов партии «Родина» направили в Генеральную прокуратуру обращение с «настоятельной просьбой» официально возбудить дело о запрете в нашей стране всех религиозных и национальных еврейских объединений как экстремистских. Государственная дума и Совет Федерации приняли (соответственно 4 и 9 февраля) постановления, осуждающие обращение как антисемитское.
21 января 2005 г. группа из 5 депутатов фракции «Родина» (Рогозин, Олег Денисов. Михаил Маркелов. Андрей Савельев. Иван Харченко) заявила о намерении провести голодовку в служебном помещении фракции в Госдуме с требованиями:
— отставки министров социально-экономического блока правительства — Михаила Зурабова, Алексея Кудрина, Германа Грефа;
— введения моратория на Закон № 122-ФЗ о монетизации льгот;
— создания Чрезвычайной комиссии для поиска путей выхода из социального кризиса;
— уважения к мнению думской оппозиции — КПРФ и независимых депутатов. 1 февраля 2005 г. голодовка была прекращена.
19 февраля 2005 г. Рогозин сообщил о переходе в жесткую оппозицию власти и заявил, что «Родина» больше не будет «спецназом президента» и что КПРФ для «Родины» является конкурентом, но не врагом, как «Единая Россия».
В июне 2005 г. Федерация еврейских общин России обратилась к руководству Социалистического Интернационала с просьбой не принимать в свои ряды российскую партию «Родина», которая, по мнению ФЕОР, создавала «сильнейшую угрозу распространения фашизма в обществе».
28 июня 2005 г. исключил из фракции «Родина» Сергея Бабурина «в связи с действиями, направленными на раскол фракции и подрыв ее авторитета». 5 июля 2005 г. Совет ГД зарегистрировал думскую фракцию во главе с Бабуриным, которая получила название «Народнопатриотический союз "Родина" (Народная воля — СЕПР)» (Родина-2). В результате раскола два из трёх соучредителей блока «Родина» — партии С.Бабурина и В.Шестакова — оказались в антирогозинской фракции, в результате чего блок «Родина» лишился возможности выдвигать кандидатов на выборах на равных (льготных) условиях с парламентскими партиями, т. к. Центризбирком требовал заверять документы печатями всех трёх блокообразующих партий.
В июле 2005 г. было принято решение о введении во фракции «Родина» института сопредседателей; сопредседателями фракции стали Д.Рогозин, С.Глазьев и В.Варенников.
8 ноября 2005 г. СМИ сообщили о том, что специалисты столичной прокуратуры займутся экспертизой агитационного ролика партии «Родина» на выборах в Мосгордуму. В начале ноября этот ролик транслировался каналом ТВЦ. Сюжет ролика содержал следующие сцены: кавказцы едят на улице арбуз, разбрасывая корки, в том числе под колеса детской коляски, которую везет русская девушка. Вслед ей один из персонажей с акцентом говорит: «Понаэхали тут». К кавказцу подходит Рогозин и просит убрать корку. Тот не реагирует и тогда кандидат в депутаты Мосгордумы Юрий Попов спрашивает его, понимает ли тот русский язык. После этого Рогозин говорит: «Очистим наш город». При этом появляются титры: «Очистим наш город от грязи».
15 ноября 2005 г. мэр Москвы Юрий Лужков назвал «Родину» партией «черносотенного плана».
21 ноября 2005 г. в Московском еврейском общинном центре, в рамках серии встреч главного раввина России Берла Лазара с руководителями парламентских фракций, состоялась его встреча с Рогозиным, на которой последний отмежевался от антисемитизма и антисемитов из думской фракции «Родина».
26 ноября 2005 г. Мосгорсуд снял список «Родины» с выборов в Мосгордуму по требованию ЛДПР. ЛДПР обвинила «Родину» в использовании преимуществ должностного положения (в одной из листовок в качестве телефона избирательного штаба был указан телефон фракции в Госдуме). Кроме того, в заявлении утверждалось, что партия разжигает национальную рознь.
2 декабря 2005 г. Рогозин призвал сторонников прийти 4 декабря на свои избирательные участки и проголосовать за вычеркнутую из бюллетеня партию «Родина». По итогам выборов было зафиксировано рекордное число недействительных бюллетеней — 5,44 % (графа «Против всех» к тому времени была отменена).
4 декабря 2005 г. в Ивановской области состоялись выборы в областное Законодательное собрание. Список «Родины» на них возглавил отец Рогозина Олег Константинович (был избран).