1798 г. войну против второй коалиции европейских государств (Англии, Австрии, России, Турции, Неаполя и др.). В 1799 г., несмотря на ряд успехов, французская армия потерпела несколько тяжелых поражений и оставила завоеванную в 1796–1797 гг. Бонапартом Италию. Почти беспрерывная с 1792 г. война и внутренние восстания подрывали экономику страны. Казна была пуста, росло недовольство населения, престиж правительства сильно упал. В стране процветали казнокрадство и разбои — как "идейные" грабежи роялистских банд, описанные Дюма в романе "Соратники Иегу", так и просто уголовные. Грабители, вследствие развала и попустительства полиции, сделали непроезжими дороги Южной и Центральной Франции.
Но, с другой стороны, противники Франции тоже были истощены многолетней борьбой, обескровлены военными поражениями и между союзниками возникали многочисленные раздоры. Война в известном смысле зашла в тупик, коалиция разваливалась.
После государственного переворота 18 брюмера (9—10 ноября
1799 г.), который произвел во Франции генерал Бонапарт, император Павел I, возмущенный вероломством союзников, отозвал русские войска из состава коалиционных военных сил, справедливо усмотрев в этом перевороте окончательное подавление Революции. Между Россией и Францией начались переговоры о мире и установлении союзных отношений. Из-за убийства Павла в ночь с 23 на 24 марта 1801 г. они были прерваны, но война не возобновилась, и 10 октября 1801 г. в Париже был подписан мир.
Установив режим своей личной власти, Бонапарт занялся прежде всего реорганизацией управления, наведением порядка в стране и укреплением финансов. Разбои были жестокими мерами прекращены. К 1800 г. он подготовил две армии, которые весной, летом и зимой нанесли несколько тяжелейших поражений австрийцам в Италии и Южной Германии. Австрия вынуждена была пойти на мир, заключенный 9 февраля 1801 г. в Люневиле.
Лишившись после Люневильского мира своих главных сухопутных союзников (6 июня 1801 г. мир с Францией заключила и Португалия), несмотря на значительные свои успехи (взятие ключевой позиции в Средиземном море — острова Мальта и вытеснение французов из Египта), вынуждена была пойти на переговоры и Англия. Как писал один весьма авторитетный историк британской дипломатии, политика Англии на континенте всегда зависела от наличия союзника: не было союзника — не было и политики. К тому же политика Англии на морях вызвала недовольство России и нейтральных государств, а Наполеон готовил десант на Британские острова.