Но на этом кадровые перестановки в ГРУ не закончились, и связаны они бы прежде всего с именем Хрущева и его «дворцовыми интригами». Дело в том, что во второй половине 1957 г. между ним и министром обороны Маршалом Советского Союза Жуковым возник конфликт, закончившийся отстранением министра. Штеменко был ставленником Жукова, и соответственно пострадал и он. На пленуме ЦК КПСС, состоявшемся в октябре 1957 г., в качестве одного из обвинений было названо создание Жуковым разведывательной школы. Из доклада на Пленуме секретаря ЦК КПСС Суслова:
«Еще об одном факте хочу рассказать вам, о факте, показывающем, как тов. Жуков игнорирует Центральный Комитет. Недавно Президиум ЦК узнал, что тов. Жуков без ведома ЦК принял решение организовать школу диверсантов в две с лишним тысячи слушателей. В эту школу предполагалось брать людей со средним образованием, окончивших военную службу. Срок обучения в ней 6–7 лет, тогда как в военных академиях составляет 3–4 года. Школа ставилась в особые условия: кроме полного государственного содержания, слушателям школы рядовым солдатам должны были платить стипендии в размере 700 рублей, а сержантам — 1000 рублей ежемесячно. Тов. Жуков даже не счел нужным информировать ЦК об этой школе. Об ее организации должны были знать только три человека: Жуков, Штеменко и генерал Мамсуров, который был назначен начальником этой школы. Но генерал Мамсуров как коммунист счел своим долгом информировать ЦК об этом незаконном действии министра».
Из доклада на Пленуме Хрущева:
«Относительно школы диверсантов. На последнем заседании Президиума ЦК мы спрашивали тов. Жукова об этой школе. Тов. Малиновский и другие объяснили, что в военных округах разведывательные роты и сейчас существуют, а Центральную разведывательную школу начали организовывать дополнительно и тайно, без ведома ЦК партии. Надо сказать, что об организации этой школы знали только Жуков и Штеменко. Думаю, что не случайно Жуков опять возвратил Штеменко в разведывательное управление. Очевидно, Штеменко ему нужен был для темных дел. Ведь известно, что Штеменко был информатором у Берии — об этом многие знают и за это его сняли с работы начальника управления…
Неизвестно, зачем нужно было собирать этих диверсантов без ведома ЦК. Разве это мыслимое дело? И это делает министр обороны с его характером. Ведь у Берии тоже была диверсионная группа, и перед тем как его арестовали, Берия вызвал группу своих головорезов. Они были в Москве, и если бы его не разоблачили, то неизвестно, чьи головы полетели бы.
Тов. Жуков, ты скажешь, что это больное воображение. Да, у меня такое воображение».
В результате Жуков был освобожден от поста министра обороны, а Штеменко снят с должности начальника ГРУ и назначен заместителем командующего войсками Приволжского военного округа с понижением в звании до генерал-лейтенанта. Тогда же, в октябре 1957 г., начальником ГРУ вновь стал Шалин, которого в декабре 1958 г. по предложению Хрущева сменил генерал армии Серов. Для последнего это ни в коей мере не было повышением — ведь до этого он занимал весьма престижный и ответственный пост Председателя КГБ. Решение Хрущева носило явно политический характер. После разоблачений, вынесенных Хрущевым на XX съезде партии, требовалось облагораживать роль органов госбезопасности. А Серов был не подходящей для этого фигурой. В годы войны он получил репутацию «мясника», а слухи о его роли во время венгерских событий 1956 года еще больше подорвали его репутацию на Западе. Хрущеву это было ни к чему. Тем более что и собственная «молодежь» требовала обновления органов. На Президиуме ЦК Шелепин выступил с резкой критикой Серова и его методов работы. Вот Хрущев и убрал его на скрытое от глаз людских место работы, а на пост Председателя КГБ определил Шелепина.
О структуре ГРУ во времена Серова известно из так называемых «бумаг Пеньковского» — документа, скомпилированного сотрудниками ЦРУ на основе рассказов самого предателя — полковника ГРУ Олега Пеньковского, а также имеющихся в ЦРУ свидетельств других изменников Родины.
Особый интерес представляют замечания Пеньковского о разведывательно-диверсионных подразделениях ГРУ:
«5-е управление ГРУ, занимавшееся диверсиями и террористическими актами, имело план действий не только на случай неожиданного возникновения критических ситуаций, как, например, в Берлине. Имелся план конкретных мероприятий: какие здания должны быть взорваны, кто должен быть ликвидирован, что подлежит разрушению в Нью-Йорке, Вашингтоне. Лондоне и т. д. Конечно, не замышлялась немедленная реализация этих планов, они были разработаны на случай, если — и когда — возникнет такая необходимость и будет дан соответствующий сигнал.