Еще не зная о смерти своего врага, Цезарь двинулся на восток. Отправив войско в Азию, он переправлялся в лодке возчика через Геллеспонт, как вдруг встретил Луция Кассия с десятью военными кораблями помпеянцев. Вместо того, чтобы обратиться в бегство, Цезарь, подойдя вплотную к Кассию, сам потребовал его сдачи, и тот покорно перешел к нему (Светоний: «Юлий»; 63). Услыхав, что Помпей отправился в Египет, Цезарь отплыл за ним (Аппиан: 14; 88, 89). С собой он взял два легиона (в обоих было всего 3200 человек) и 800 всадников. Только прибыв в Александрию, он узнал о смерти Помпея.
Поскольку ничего его здесь больше не задерживало, Цезарь мог бы вернуться в Италию. Но он остался в Александрии еще на некоторое время. Во-первых, его отплытию препятствовали противные ветры, а во-вторых, он решил вмешаться в междоусобную войну, которая шла в это время в Египте между Птолемеем ХШ и его сестрой Клеопатрой VII. Цезарь объявил, что спор между царем и царевной подлежит решению римского консула (Цезарь: «Гражданская война»; 3; 106, 107), и тайно вызвал Клеопатру из изгнания. Покоренный ее красотой и обходительностью, Цезарь решил примирить царицу с ее братом. Молодой царь, совсем еще мальчик, неожиданно увидев сестру во дворце, вскипел гневом и, выскочив на улицу, стал вопить, что его предали, и в конце концов на глазах у собравшейся толпы сорвал с головы царскую диадему и швырнул ее на землю. Так как из-за этого возникло большое смятение, то воины Цезаря схватили Птолемея; египтяне, однако, уже поднялись. С первого же натиска они могли бы взять дворец, напав одновременно с суши и с моря; римляне не были в состоянии оказать им сопротивление, поскольку не позаботились ни о чем, полагая, что находятся среди друзей. И это случилось бы, если бы Цезарь не вышел бесстрашно к египтянам и, стоя в безопасном месте, не пообещал им сделать все, что они хотят. Затем Цезарь появился в многолюдном собрании, поставил рядом с собой Птолемея и Клеопатру и прочел завещание их отца, в котором было написано, чтобы они по египетскому обычаю вступили друг с другом в брак и царствовали бы совместно, а римский народ их опекал. Царство он отдал им обоим и таким образом в тот момент водворил спокойствие. Но потом снова началось возмущение, так как евнух Потин постоянно настраивал египтян против Цезаря и Клеопатры. Ахилла со своими солдатами двинулся от Пелусия на Александрию (Дион: 42; 35-36).
Первоначально египтяне имели над римлянами огромный численный перевес. Ахилла занял всю Александрию, а в руках Цезаря остался прилегавший к Большой гавани царский дворец и театр. Он расположил свои когорты в узких улицах перед стенами дворца и отразил все атаки врагов (Цезарь: «Гражданская война»; 111). Ахилла попытался овладеть гаванью, где стояло множество кораблей, и таким образом лишить Цезаря подвоза продовольствия. Цезарь принужден был, отражая опасность, устроить пожар (Плутарх: «Цезарь»; 49). Он сжег все египетские корабли, вместе с теми, которые находились в доках, так как не мог охранять такого большого района малыми силами (Цезарь: «Гражданская война»; 111) Распространяясь со стороны верфи, пожар уничтожил огромную Александрийскую библиотеку (Плутарх: «Цезарь»; 49). Часть солдат Цезарь послал захватить Фаросский маяк и узкий вход в гавань, чтобы подкрепления и провизия могли безопасно подходить к нему морским путем (Цезарь: «Гражданская война»; 112).
В последующие дни Цезарь расширил и укрепил свои позиции в прибрежной части города. Солдаты строили шанцы, насыпали рвы и пробивали тараном проходы в стенах домов. Тем временем младшая сестра Клеопатры, Арсиноя, попыталась захватить власть. Она приказала убить Ахиллу и поставила во главе eгипетского войска своего воспитателя, евнуха Ганимеда. Впрочем, в положении Цезаря это ничего не изменило, так как Га-нимед руководил военными действиями с такой же бдительностью, как Ахилла. Прежде всего, он попробовал отнять у Цезаря воду. Так как собственных источников в Александрии не было, город снабжался по водопроводу нильской водой. Ганимед приказал заложить подземные каналы и пустить в водопроводы нижней части города морскую воду. Но все усилия египтян пропали даром: обнаружив, что вода в водопроводах испорчена, Цезарь приказал рыть колодцы и вскоре имел в своем распоряжении достаточно хорошей воды.