Цезарь понимал, что все это требует его личного присутствия в Риме, но решил предварительно так устроить те провинции и местности в Азии, которые он собирался посетить, чтобы они освободились от внутренних раздоров, подчинились бы римским законам и управлению и перестали бы бояться внешних врагов. Побывав почти во всех значительных городах, Цезарь определил людям, оказавшим ему услуги, награды от имени государства и от себя лично, произвел расследования и вынес приговоры по прежним местным тяжбам; соседним с Сирией царям, тиранам и династам, которые все поспешили к нему, он обещал свое покровительство, и они простились с ним, полные дружественных к нему и к римскому народу чувств.
Затем он посетил Киликию, Каппадокию и Галатию, собирая силы для борьбы с Фарнаком. Легионы, которые ему удалось стянуть к себе, были весьма посредственными. Из старых его частей с ним был только один 6-й легион (в котором к этому времени осталось не более тысячи человек), два легиона он сформировал из разбитого войска Домиция, и один легион дал ему царь Галатии Дейотар. С этими силами Цезарь вступил в Понт. Фарнак ожидал его на одном из высоких холмов вблизи города Зелы. Цезарь занял холм поблизости и стал устраивать здесь лагерь. Внезапно он увидел, что Фарнак вывел свое войско из лагеря и повел на штурм его позиции. Эта внезапная атака, противоречащая всем канонам военной науки, застала Цезаря врасплох. Он бросился поспешно строить свои легионы, началась суматоха, которая едва не переросла в панику. Но все же римляне удержались на вершине холма, а затем на правом фланге 6-й легион начал теснить противника. На крутом склоне отступление понтийцев превратилось в беспорядочное бегство, так что на плечах врагов римляне ворвались в лагерь Фарнака и захватили его. Все его огромное войско было либо перебито, либо сдалось, он сам спасся бегством вместе с немногими всадниками («Александрийская война»; 34, 40, 65, 66, 69, 72-76). Передают, что по поводу этой внезапной и, против бжидания, легкой победы. Цезарь сказал: «О, счастливый Помпей! Так, значит, за то тебя считали великим и прозвали Великим, что ты сражался с такими людьми при Митридате, отце этого человека!» В Рим Цезарь послал следующее донесение: «Пришел, увидел, победил» (Аппиан: 14; 91). Всю военную добычу Цезарь подарил солдатам. Вместо Фарнака он сделал царем Боспора Митридата, оказавшего ему большую помощь в Египте, а сам поспешно двинулся в Европу («Александрийская война»; 78).
По пути он разбирал дела городов, но, узнав, что в Риме произошло восстание и что Антоний, начальник его конницы (Цезарь на этот год был провозглашен диктатором), вынужден с войском охранять форум, Цезарь все бросил и поспешно отправился к Риму. Он вернулся в Италию в конце 47 г. до Р.Х.
Когда Цезарь вернулся в Рим, гражданское волнение улеглось. Но вспыхнуло новое волнение уже в самих войсках из-за того, что им не выдали вознаграждение, которое были им обязаны выдать за победу при Фарсале, и из-за того, что они до сих пор еще, вопреки закону, продолжают оставаться на военной службе. Войска требовали, чтобы их всех распустили по домам. Цезарь и в самом деле им однажды обещал какие-то неопределенные награды в Фарсале и другой раз — по окончании войны в Африке. В ответ на все эти требования Цезарь послал к солдатам некоторых из начальников с обещанием выплатить каждому воину еще по 1000 драхм. Но войско ответило, что оно не хочет больше обещаний, а хочет, чтобы деньги были выданы тотчас. Саллюстий Крисп, посланный к ним по поводу этого, чуть не был убит, его спасло только бегство. Тогда Цезарь, несмотря на то, что друзья увещевали его остерегаться нападения со стороны войска, направился к воинам на Марсово поле и внезапно показался на трибуне.