Вскоре он получил οт Феодосия выговор за письма женской половине его семьи как за вмешательство во внутренние придворные отношения, которые были довольно сложны, и за вмешательство в церковные дела столицы, которые его не касаются. Но Кирилл, боец упорный, продолжал «долбить камень», не останавливаясь даже перед подкупом сановников, которым он присылал так называемые «благословения» (ευλογια т.е. архиерейские дары) в масштабах, поражающих наше воображение. Средство это было старое, испытанное еще его дядей Феофилом в борьбе со Златоустом.
Самоуверенный и пылкий Несторий имел неосторожность свои проповеди, возражающие против имени «Богородица», широко распубликовать. Он сам послал их и в Рим и в Александрию. Он не понимал, что он настроил против себя Рим уже своим нетактичным вмешательством в суд над пелагианами. После суда над ними на Западе (418 г.) группа их вождей перебежала в Константинополь, апеллируя к императору. Впутавшись в дело, Несторий допрашивал письмами папу, именуя его просто «брат», прося справок и указаний, но веря пелагианам как православным, гонимым лишь по недоразумению. В своих письмах к папе Целестину он сообщал и о своих богословских спорах в Константинополе.
В Риме, где еще семь лет тому назад переживали последний острый конфликт с Константинопольским епископом Аттиком из-за посягательств его на Восточный Иллирик (многолетний камень раздора между церквами Востока и Запада), не были расположены отвечать на наивность Нестория встречной наивностью. Так как Рим уже получил из Александрии от Кирилла очень предостерегающее освещение богословской позиции Нестория, то Рим не торопился с немедленным откликом на запросы Нестория, a углубил свое осведомление о подымаемых вопросах тщательными справками об антиохийском богословии вообще. Папа обратился в Марсель к Иоанну Кассиану – ученику Иоанна Златоуста, долго жившему на Востоке и знавшему антиохийское богословие. И Иоанн Кассиан по поводу этого запроса написал даже целый труд «De incarnatione». Пока Несторий таким образом топил себя в глазах Запада, в самом Константинополе нашелся первоклассный осведомитель о пелагианах, ученик и почитатель блаженного Августина (в данный момент оторванного от Рима нашествием вандалов) Марий Меркатор. Последний сделал о пелагианах подробный доклад императору, Константинопольской церкви и монашеству (429 г.). Император, не считаясь с мнением некомпетентного Нестория, просто изгнал пелагиан из Константинополя. Положение Нестория было достаточно конфузное. Критический глаз александрийского папы враждебно наблюдал за всеми промахами Нестория. Кирилл вслед за своим дядюшкой не признавал Иоанна Златоуста, тем более его кривое отображение – Нестория. Кирилл был учеником Афанасия и Каппадокийцев, но бессознательно и Аполлинария, не догадываясь о подлоге: «единая природа Бога-Слова воплощенная». Легко и много писавший Кирилл до сих пор не выступал против антиохийцев; с Феодором Мопсуестийским, умершим в 428 г., он был в добрых личных отношениях. Значит, до сих пор он не разбирался и не осмыслил для себя принципиальной разницы двух богословских школ, a просто уложил Константинопольскую проблему в привычное ему русло традиционной вражды его дядюшки Феофила к Константинопольскому первенству. Свалили в свое время Иоанна Златоуста. Тем более есть надежда свалить и несравненно меньшего Нестория. Кирилл начал действовать.
Кроме докладов в Риме он решил поднять на ноги свой греческий Восток. Он излил беспощадную полемику на проповеди Нестория в виде обширного письма, адресованного к своим нитрийским монахам. Фактически это письмо распространено было всюду и сделало известный шум в Константинополе. Церковная война открылась. Кирилл хорошо обдумал и подготовил свой план наступления на зазнавшегося столичного соперника. Подготовив союз с Римом и, можно сказать, тайно мобилизовав его, Кирилл признал своевременным открыть наступление и бой. Он первый написал письмо, лично обращенное к Несторию, с упреком в нарушении церковного мира. Сам обещал мир, если Несторий перестанет отвергать термин «Богородица». Но Кирилл решительно выступал против вмешательства иерарха светской столицы в не подлежащие его ведению дела александрийских клириков. Кирилл, зная, конечно, что теперь Рим за его спиной, чего наивно не хотел еще видеть Несторий, начал обстрел из тяжелых орудий, обличая Нестория в еретичестве. Таково его «Epistola dogmatica» (Καταφλυαουσιν, «Догматическое письмо»).