Но вероломное отступление от предсоборного договора с папой и западными епископами теперь подняло и вполне оправдывало негодующий, упорный протест Запада. Это Юстинианово «исповедание» (Ομολογία) явилось и для папы Вигилия моментом критическим. Он преодолел свое прежнее малодушие и, опираясь на ясно определившееся соборное мнение всего Запада, вступил на путь достойного сопротивления грубому давлению «Кесаря». Дворец Плакидии во Втором Риме превратился в Латеран Рима Первого. Здесь для всего западного епископата образовался центр сопротивления. Началось с торжественного предложения папе – принять «Омологию» императора. Делегация последнего вызывающе возглавлялась самим Феодором Аскидой. Вигилий отказал в подписи и умолял Юстиниана взять свой акт до собора обратно. A Датий Миланский, как глава автономного диоцеза, присоединил к этому свое заявление: «Я протестую от себя и от имени епископов Галлии, Бургундии, Испании, Лигурии, Эмилии и Венеции и объявляю, что всякого, подписавшего это исповедание, мы отлучаем от общения с нами, ибо ясно, что этот документ наносит удар Халкидонскому собору и кафолической вере». Вигилия и Датия в их протесте подкрепил опять прибывший в Константинополь из Рима Пелагий. При его поддержке Вигилий заявил, что он разрывает общение с патриархом Миной.
На это последовали репрессии. В приближении опасности ареста папа, с ним Датий в окружении преданных им клириков решили убежать из дворца Плакидии в церковь апостола Петра при дворце Гормизда. В этом дворце недавно еще пребывали любимцы Феодоры – монофизитские монахи. При таких обстоятельствах папа Вигилий подписал низложение Феодора Аскиды, отлучение всех приемлющих эдикт и исповедание и передал документ в надежные руки (17 августа 551 г.).
Власть распорядилась взять силой укрывшихся беглецов. Отряд вооруженной полиции с сопровождавшей его толпой ворвался в церковь. Стрелы луков угрожающе приложены к тетивам. Епископы с клириками робко прижались к мраморному престолу. Клириков одного за другим хватали и отводили тут же в сторону. «Возложили руки» и на рослую, крупную фигуру папы, взялись за ноги и даже за бороду, но не могли сразу оторвать его от колонок – ножек престола, за которые он цепко ухватился. Колонки пошатнулись, и тяжелая мраморная доска престола раздробила бы папе голову, если бы все арестованные клирики не бросились дружной толпой и спасли папу от катастрофы. Видевшая все это толпа возмутилась против полиции, освистала ее, выгнала из церкви и фактически освободила арестованных.
Правительство поняло, что оно публично осрамилось. Беглецы остались на своем месте, в церкви апостола Петра, под охраной смущенного общественного мнения. Нужно было перейти к переговорам. Юстиниан послал Велизария с тремя сановниками просить папу вернуться во дворец Плакидии, не опасаясь никаких насилий. Но папа выразил недоверие и набросал для Юстиниана формулу присяги, которая бы его, папу, успокоила. Юстиниан «сохранил свое лицо» от такого удара по самолюбию, но поручил делегации дать обещание на св. мощах, что свобода папы будет сохранена. После этого все вернулись во дворец Плакидии.
Но при внешней показной свободе атмосфера во дворце круто изменилась. Вся прислуга была назначена новая, грубая, с инструкцией соблюдать тюремный режим и шпионскими, лжесвидетельскими заданиями. Вигилий и Датий лишены были возможности держать связь с другими римскими клириками, живущими в столице. Один из секретарей Вигилия был подкуплен для подделки криминальных писем от лица папы в Италию. Явно готовился лживый процесс для политического обвинения и смещения папы Вигилия. На Западе сеялись нелепые клеветнические слухи о Вигилии. Римские клирики сочли нужным конспиративными путями отправить на Запад отрезвляющее осведомление о тюремном положении папы. Вигилий, Датий и все другие с ними решили в декабре 551 г. вновь бежать из стен этой новой тюрьмы. За два дня до Рождества Христова, в темную зимнюю ночь на 23 декабря, пробираясь по грудам камней вновь строящейся стены, латинские иерархи и клирики бежали к берегу, где поджидали их лодки, перевезшие их на другой берег Босфора, в Халкидон, в тот самый храм св. Евфимии, где происходил знаменитый и дорогой сердцу римлян IV Вселенский собор.