Само христианское учение еще находилось в это время в процессе становления и окончательной выработки догматов (основных положений) веры, происходившей в условиях полемики с античным и варварским язычеством, а также с неортодоксальными взглядами внутри церкви, которые объявлялись ересью. В атмосфере острых дискуссий формирование официальной католической доктрины продолжалось на Вселенских соборах, где иерархи, представлявшие разные общины христианского мира, обсуждали проблемы троичности бога, христологии (природы Христа) и сотериологии (учения о спасении). Соборы также вырабатывали каноны богослужения, церковного права, нормы внутренней дисциплины.
Несмотря на то, что в работе Вселенских соборов принимало участие высшее духовенство как западной, так и византийской церквей, из наиболее древних и авторитетных центров – Рима, Антиохии, Александрии, Иерусалима, Константинополя, между римской и греко-византийской церквями нарастали как догматические, так и политические разногласия, немалую роль в которых сыграло соперничество константинопольских патриархов и римских пап. С VI в. позиции последних заметно укрепились. Римские епископы еще в III столетии начавшие именовать себя папами (от греч. паппас – отец), претендовали на духовное лидерство во всем христианском мире, мотивируя это тем, что получили свою власть непосредственно от Св. Петра, считавшегося первым епископом Рима, а апостолу она была вручена самим Христом.
Тезис о Риме, городе Св. Петра, земля которого была полита кровью апостола, как о новой духовной столице получил особую актуальность в понтификат Григория I Великого (590–604). В это время на фоне еще не окрепшей власти варварских королей папство, нередко выступавшее посредником и третейским судьей в политических конфликтах, являлось авторитетом для новообращенной германской элиты, и его престиж чрезвычайно возрос. Немало способствовала этому и личность Григория I, тонкого политика, стремившегося распространить контроль Рима на новообращенные области, и активного преобразователя, при котором была проведена реформа церковной службы. Крупным успехом его понтификата стало обращение в христианство англосаксов, захвативших Британию, и создание здесь церковной организации, всецело подчиненной Римскому престолу в противовес независимой бриттской христианской церкви, возникшей у местного кельтского населения значительно раньше.
Направляя своих миссионеров к язычникам в Британию или Германию, Григорий предписывал им вести себя с крайней осторожностью, не оскорбляя публично прежних богов и не вызывая гнева «варваров». По его мнению, разумнее было использовать традиционные места поклонения и языческие капища для проповеди там новой веры: «Истреблять идолов, но сохранять их храмы, окропить, построить алтари и поместить мощи, народ будет охотнее стекаться к привычным местам, поклоняясь притом истинному богу». Однако успехи миссионерства VI – начала VII вв. были еще непрочными. Нередко целые народы принимали христианство вслед за своими королями, которых побуждали к тому политические соображения, сохраняя при этом и прежние верования, и языческое мировосприятие, и мораль. Это приводило к периодическому оживлению «варварских» духовных ценностей в противовес христианским, нередко совпадавшему с политическими кризисами.
В конце VII—начале VIII в. такой кризис наступил в отношениях пап с франкскими правителями: Карл Мартелл конфисковал церковные земли, чтобы раздать их своим бенефициариям, презрев авторитет клира. Но уже Пипин Короткий вернулся к союзу с Римом, подкрепив его обширными земельными дарениями. В 756 г. благодаря его пожалованиям на Апеннинском полуострове возникло светское государство пап, наследником которого до наших дней является Ватикан. В VIII в. оно включало Римскую область и Равеннский экзархат. Союзнические отношения церкви и светской власти сохранились и при Карле Великом. Однако после смерти могущественного императора и дробления его державы папы стали стремиться занять главенствующее место в христианском мире. Начала складываться теократическая доктрина, утверждавшая идею верховенства пап как в духовных, так и в светских делах. При папе Николае I (858–867) было провозглашено, что светский владыка – лишь орудие в руках церкви и папы имеют право не только короновать, но и смещать государей. Тезис о верховенстве пап в западном мире обосновывался грамотой о так называемом «Константиновом даре», якобы составленной римским императором Константином, а в действительности фальсифицированной в VIII–IX вв. Согласно ей, отправляясь в свою новую столицу Константинополь, император передал светскую власть над Римом и Западной Римской империей папе. Этот документ вызывал сомнения уже у средневековых ученых, но вплоть до XV в., когда его подложность была доказана, он служил одним из краеугольных камней теории папской супрематии.