Столкнувшись с новым политическим руководством, Чаянов изложил в полном объеме свои соображения относительно будущего советского сельского хозяйства в книге «Теория сельскохозяйственных кооперативов» в 1927 г. Основная его идея состояла в следующем. Чаянов был согласен с тем, что крестьянское хозяйство и сельское общество СССР конца 1920-х гг. нуждались в реконструкции. Он соглашался и с формальными целями сталинской программы коллективизации, но предлагаемые методы считал неверными по всем параметрам. В соответствии со сталинской схемой увеличение размеров и механизация производственных единиц должны были гарантировать достижение высокой производительности труда и благосостояния на селе, а социальная справедливость и равноправие должны были наступить с уничтожением класса сельских эксплуататоров, то есть кулаков.
Чаянов же утверждал, что укрупнение производственных единиц не ведет с необходимостью к росту сельскохозяйственного производства. Развивающееся общественное разделение труда в основном «принимает форму выделения и специализации какого-либо его аспекта и занятых в сельском хозяйстве при возможном избирательном увеличении размера производственной единицы и капиталовложений, отражая тем самым наилучшее использование ресурсов – «вертикальную» сегментацию, соответствующую дифференциальным оптимумам». В то же время укрупнение всех производственных единиц может снизить продуктивность в целом. «Только большое» так же плохо, как и «только малое», если речь идет о сельском хозяйстве. Кроме того, для крупномасштабных хозяйств, созданных в одночасье, на местах не нашлось бы руководителей, способных ими управлять, управленцев пришлось бы «импортировать», они не имели бы корней и специфического знания местных условий. Они были бы также полностью зависимы от государственного аппарата – бюрократического, чужеродного и репрессивного. Маловероятно, что эти новые управленцы на местах были бы в меньшей степени эксплуататорами, чем прежние «мироеды-кулаки». Крестьянское сопротивление политике и декларациям, противоречащим их собственному повседневному опыту, было бы ожесточенным и разрушительным для сельскохозяйственных ресурсов, которые коллективизация якобы стремилась приумножить.
Альтернативная программа Чаянова по преобразованию сельского хозяйства страны состояла в развитии смешанной кооперации снизу (он называл это «вертикальной кооперацией» и «кооперативной коллективизацией»). Программа основывалась на его обследованиях реального кооперативного движения в России в 1910–1914 и 1922–1928 гг. Кооперативное движение рассматривалось им как демократическая альтернатива государственной централизации. Наилучшее решение проблемы увеличения производительности сельскохозяйственного труда в России, по мнению Чаянова, состояло в гибком сочетании крупных и малых производственных единиц, определяемом различными оптимальными размерами в каждой отдельной отрасли. Производством яиц, скажем, занимается семейное хозяйство, фуражом – вся деревня, лесным хозяйством – объединенные в одну производственную единицу несколько специализирующихся на этом деревень и т. п. Ученый поддерживал многоуровневое кооперативное движение, кооператив кооперативов, организованный «снизу» и развиваемый, а не управляемый государством.
Согласованная с крестьянским опытом, использующая крестьянские институты, широко открытая для крестьянской инициативы и притока кадров, эта программа была бы приемлемой для сельских сообществ и способной собирать их силы для преобразования деревни. Важно, что программа Чаянова отражала социальную реальность. На протяжении 1920-х гг. в советской деревне развивались и распространялись многочисленные кооперативные хозяйства. Организованные на основаниях, выработанных еще до революции, укорененные в местной почве благодаря замечательным приверженцам этой формы хозяйствования, тысячи кооперативов по снабжению, торговле, кредитованию и производству объединяли к 1928 г. более половины сельского населения. Сеть кооперативов продолжала расширяться, пока они не были выкорчеваны коллективизацией.
Массовость распространения кооперативов, а также авторитет Чаянова объясняют, почему именно его вариант стратегии преобразований на селе был принят бухаринским крылом руководства партии и включен в первоначальный вариант плана первой пятилетки (подготовленный под руководством экономиста Громана и отклоненный Сталиным в пользу собственного варианта с его совершенно фантастическими цифрами).