Окончательный вариант учебного плана, соответствующий новому варианту проекта, составляла группа из трех представителей академий: протоиерей И.Л. Янышев, протоиерей А.В. Горский и Н.П. Соколов. Этот вопрос им удалось разрешить мирно: удержали основные положения архиепископа Макария, но, вопреки его проекту, внесли в общеобязательный курс Священное Писание, метафизику и один древний язык, выведя психологию. Все три отделения, в отличие от первого варианта проекта, стали богословскими: при этом был использован принцип архиепископа Макария, но к богословским наукам добавлены общеобразовательные.
Физико-математическими науками пришлось пожертвовать, окончательно изгнав их из академий. Было отказано и КазДА в особом миссионерском отделении, несмотря на особое ходатайство архиепископа Казанского Антония: в Уставе не было о нем даже упоминания[474]
.Составленный учебный план не вызвал возражений остальных членов Комитета, и итоговый проект был представлен в Синод. Рассмотрение проекта в Святейшем Синоде не внесло значительных изменений в учебную часть[475]
. Но предложение Комитета об ученых степенях по философии было исключено[476]. Наконец, 30 мая 1869 г. Устав духовных академий был Высочайше утвержден[477].Окончательный вариант Устава сохранил главные идеи, положенные в основу проекта 1868 г., однако отличался от него в конкретной реализации этих идей. И эта конкретная реализация в какой-то степени скорректировала сами идеи. Наибольшие изменения претерпели параграфы, связанные со структурой учебного курса, учеными богословскими степенями и самостоятельностью планируемых отделений.
Вместо философского отделения третьим было сделано, согласно предложению архиепископа Макария, церковно-практическое, в которое собрали предметы пастырско-практические (пастырское богословие, гомилетика и история проповедничества, литургика, церковное право) и словесные (теория словесности и история русской литературы, с обзором важнейших иностранных литератур, и русский язык и славянские наречия). Эта двойственность третьего отделения стала объектом критики уже при введении Устава. Пастырские предметы были выведены из состава богословского отделения, и оно стало, по сравнению с проектным вариантом, более «теоретико-богословским» (но нравственное богословие тяготело, по мнению авторов Устава, все же к богословию, а не к пастырству). Из состава исторического отделения выведено было церковное право, но введена библейская и церковная история, что сделало отделение «исторически» более однородным. Еще сильнее был сокращен общеобязательный набор предметов: из их числа были исключены догматическое богословие и общая церковная история, а взамен введены предметы философского круга – метафизика, психология и логика. Именно отсутствие догматики и церковной истории в общеобязательном курсе в дальнейшем часто ставилось в упрек Уставу 1869 г. Философия вновь понималась как предмет общеобразовательный: лишенный специально-научного значения, но заслуживающий обязательного изучения[478]
.Вопрос о богословских ученых степенях был изменен принципиально: университетская система – дифференциация степеней по всем основным направлениям преподавания – была отвергнута. Ученые степени, как и прежде, могли присуждаться лишь по богословию, что подтверждало исключительно богословскую направленность академий. Для небогословских предметов – гражданской истории, словесности, философии – не предполагалось научного развития, несмотря на акцент, сделанный на подготовке по ним полноценных «специалистов». Следовательно, специализация по этим наукам в стенах духовных академий должна быть исключительно педагогической, не имея научной перспективы. Это положение свидетельствовало, что новому Уставу не удалось решить старый вопрос о значении общеобразовательных наук в духовном образовании. В окончательном варианте Устава была смягчена факультетская самостоятельность отделений и ее связь с университетской системой: «деканы» заменены на «помощников ректора по отделениям», ослаблены права отделенских заседаний и сужен круг вопросов, подлежащих решению отделений.
Наибольшее влияние на окончательный вариант Устава, как кажется на первый взгляд, оказал проект преосвященного Макария (Булгакова): идея двух типов академий была отторгнута, но предложения о специально-богословской направленности отделений и умалении общеобязательного курса были приняты[479]
. Замечания других преосвященных были учтены лишь при смягчении факультетского разделения академий и отмене философских ученых степеней.