В апреле 1985 года была произведена замена личного состава 263-й разведэскадрильи на группу из состава 381-го орап из Чимкента. Ограничившись заменой личного состава, самолеты оставили те же. Поддерживая их в строю, машины время от времени отправляли на ремонт в Чирчик, после чего те вновь возвращались в Баграм. Как и у истребителей-бомбардировщиков, вновь комплектация производилась на базе ВВС ТуркВО. Однако резервы южных округов были вовсе не неисчерпаемыми, и далее в авиацию 40-й армии все шире стали привлекать авиаторов из других частей страны. В чимкентском составе 263-й эскадрильи были потеряны четыре самолета. В их числе были Су-17М3Р командира эскадрильи подполковника Юрия Шамарина. При выполнении боевого задания шедший на небольшой высоте самолет попал под огонь с земли. Пулями полностью разнесло гаргрот фюзеляжа от закабинного отсека до киля, где насчитали 12 пробоин. Полностью отказало оборудование в кабине, где не действовал ни один прибор и ни одно сигнальное табло. По счастью, не зацепило продолжавший работать двигатель и гидравлику, что позволяло сохранять управление. Комэск зашел на посадку с помощью ведомого и, как сам он рассказывал, «по ощущениям», поскольку никакие указатели все равно не работали». Ремонту машина не подлежала, и, сняв с самолета двигатель и то, что уцелело, его списали на боевые потери («восстанавливать на этой руине было нечего»).
Истребитель-бомбардировщик Су-17М4 274-го апиб с подвеской бомб ФАБ-500М62
Всего за две недели до завершения боевой работы, когда уже был известен день прибытия смены, в эскадрилье погиб старший лейтенант Евгений Покатаев. 3 апреля 1986 года при выполнении воздушной разведки парой он шел ведомым и был сбит из ДШК на высоте 2000 м в 10 км юго-западнее Гардеза (район Хоста). Вокруг находился сплошь душманский край, где не было своих войск. На подбитом самолете летчик тянул домой, однако горящая машина начала разваливаться, и ведущий дал команду на катапультирование. Катапультирование не произошло из-за перебитой тяги привода кресла К-36дм. Летчик погиб в разбившемся самолете.
С апреля 1986 по май 1987 года в составе 263-й эскадрильи работала смена из Забайкалья (101-й разведполк из Борзи). Замену техники на новые самолеты руководство сочло излишней. Вновь группе пришлось принимать послужившие уже машины, оставшиеся от предыдущего состава. За год работы эскадрилья понесла наибольшие потери – к этому времени противник располагал достаточно сильной ПВО, включая современные «Стингеры», что отразилось на обстановке крайне неблагоприятным образом. Не обошлось и без аварий и поломок, неизбежных спутников интенсивной эксплуатации. К апрелю 1987 года, когда забайкальская группа завершила свою командировку, в эскадрилье недосчитывались семи самолетов. По этой причине во время работы взамен потерянных самолетов потребовалось в срочном порядке принимать с ремзавода несколько Су-17М3, ранее принадлежавших другим частям. Самолеты так и ушли «на войну» в октябре 1986 года, не имея ни номеров, ни звезд, и лишь через пару месяцев они приобрели уставной вид.
При высоких потерях ни один летчик забайкальского состава не погиб. Однако в числе сбитых были самолеты замполита части майора Александра Фадеева и двух командиров звеньев. 2 февраля 1987 года при выполнении вылета на разведку в район северо-восточнее Хоста Су-17 командира эскадрильи подполковника А.И. Лучкина при попадании «Стингера» потерял 2/3 левого стабилизатора, получил массу пробоин фюзеляжа и руля направления. Отказала основная гидросистема, но летчик смог дотянуть на израненной машине и сесть. Несмотря на множественные повреждения, этот самолет удалось восстановить. Командир эскадрильи А.И. Лучкин был награжден двумя орденами Красной Звезды «за умелое руководство эскадрильей и личное мужество». На его счету было 330 боевых вылетов с общим налетом 360 часов.
Командиру звена капитану Михаилу Александрову довелось за время боевой работы покидать самолет дважды. 22 сентября 1986 года при выполнении фотографирования ущелья Горбанд в районе Бамиана самолет получил повреждения от попадания ЗГУ. Был задет элерон, и самолет начало вращать вправо. Летчик с помощью педалей сумел остановить вращение, выправить самолет и вернуться к аэродрому. При выполнении пробного захода на посадку при выпуске шасси самолет снова начал валиться вправо. Сесть на теряющей управление машине было невозможно, стоило сбавить скорость, как Су-17 снова начинал крениться. Увеличив скорость для восстановления работы элеронов, летчик вышел к ВПП и катапультировался над аэродромом.