В это время наиболее сложный характер имела крестьянская проблема. Реформа 1861 года за прошедшие двадцать лет себя исчерпала; требовались новые меры, которые сделали бы крестьянина полноправным членом общества и помогли ему приспособиться к рыночным отношениям. Короче, реформу надо было тем или иным способом завершить, покончив с неопределённостью и нестабильностью.
В конце предыдущего царствования факт истощения платёжных сил и всеобщего понижения благосостояния крестьянского населения был признан самим правительством, но вопрос о понижении выкупных платежей не решался. Только при Александре III, когда удалось провести важнейшие улучшения финансовой системы, хоть что-то было сделано.
В мае 1881 года к должности министра финансов император призвал бывшего киевского профессора Н. Х. Бунге. Тот предложил целую программу действий, предусматривавшую, в частности, приведение в равновесие доходов с расходами через соблюдение самой строгой и разумной экономии и улучшение податной системы посредством более справедливого распределения налогов.
Осенью 1881 года последовало Высочайшее повеление о соблюдении всеми ведомствами строгой бережливости и о неуклонном исполнении сметных правил. Сверхсметные ассигнования были сокращены вдвое, и всё равно недостаточность финансовых средств не была устранена. Необходимость покрытия дефицитов, а также чрезвычайные расходы по погашению временных выпусков кредитных билетов и по возобновившейся с 1881 года постройке железных дорог вынуждали приобретать средства путём новых займов, и в итоге не удалось привести в равновесие государственный бюджет.
Однако ту часть своей программы, которая касалась улучшения податной системы, Н. Х. Бунге исполнил успешно; он всегда признавал это важнейшей целью своего управления. Были понижены выкупные платежи и постепенно отменена подушная подать. С крестьян было снято налогов на 53 млн. рублей, с привлечением к обложению других, более имущих классов населения, до тех пор освобождённых от прямого обложения, или недостаточно обложенных. Вводя необходимую уравнительность в податную систему, эти мероприятия, по мысли Бунге, должны были подготовить почву для введения со временем подоходного обложения.
Император учредил церковноприходские школы; в интересах улучшения народного хозяйства создал министерство земледелия. В 1882–1884 годах были закрыты многие печатные издания, опять упразднена автономия университетов. Начальные школы передали церковному ведомству — Синоду. Через народные училища, земские школы, гимназии и другие учебные заведения за тридцать пореформенных лет прошло несколько сотен тысяч учеников: если в предреформенное десятилетие грамотность в России составляла примерно 5–6 %, то во второй половине 1890-х — 18–21 %.