Последний согласился заключить с союзниками конвенцию, главные условия которой состояли в том, что к 19 ноября экспедиционные войска обязывались выйти из Голландии, сдать батареи Хелдера и возвратить несколько тысяч французов и голландцев, захваченных в плен. Условия капитуляции были выполнены со скрупулезной точностью. 5 ноября в Англию отплыли первые части союзных войск, а 19 ноября последний эшелон русско-английской армии покинул Голландию, не выполнив поставленную перед ним задачу. После этой победы за генералом Брюном в войсках закрепилось почетное звание «Спасителя Батавской республики». Наполеон позднее признавал, что Брюн в 1799 году избавил Францию от нового вражеского нашествия. Правда, в своих воспоминаниях Наполеон хоть и не столь резко, но критиковал некоторые действия и решения Брюна. Разбирая все этапы этой кампании, Наполеон, в частности, пишет: «Генерал Брюн потерял десять дней августа в досадных колебаниях. Чтобы принять решение, он выжидал более надежных сведений о намерениях противника. Он считал, что лучше действовать медленно, чем действовать плохо и наобум. Такая осмотрительность была тут неуместна: не могло быть никакого сомнения относительно пункта, где будет иметь место атака англичан. Им хотелось захватить Голландию; они могли это сделать, лишь овладев Зюйдерзее, а для этого им нужен был Гельдер». Однако, несмотря на критические замечания, Бонапарт в конце заключает, давая тем самым оценку действиям Брюна: «Он провел кампанию умно».
России же голландская кампания не доставила ни славы, ни выгод. Даже после окончания экспедиции русским войскам, во время пребывания их на английских островах Джерси и Гернси, пришлось вытерпеть много лишений, и только в сентябре 1800 года экспедиционный корпус вернулся домой. Существенную пользу из этих военных действий извлекла только Англия: ей удалось овладеть голландским флотом, и овладеть безвозвратно, так как условия конвенции его не коснулись.
Опала верного Брюна
Несмотря на свой крайний республиканизм, во время государственного переворота, получившего название «переворот 18 брюмера» (по французскому революционному календарю), Гильом Брюн всецело поддержал Наполеона и стал одним из ближайших сподвижников главного защитника Великой французской революции, ярого антимонархиста – генерала Бонапарта. В результате этого переворота была лишена власти Директория, разогнаны представительные органы (Совет пятисот и Совет старейшин) и было создано новое правительство во главе с Наполеоном Бонапартом.
Ранним утром 9 ноября 1799 года (18 брюмера) на совет были созваны старейшины. Собравшиеся депутаты единогласно подтвердили перенесение законодательного корпуса в Сен-Клу, где оба совета должны были собраться на другой день не ранее полудня. Исполнение этого декрета было возложено на Бонапарта; ему предоставлялось право принять все меры, необходимые для безопасности республики, и ему же подчинялись все местные вооруженные силы; вместе с тем всем гражданам вменялось в обязанность оказывать ему помощь при первом требовании с его стороны.
К народу Совет старейшин обратился с особым манифестом, в котором декретированные меры оправдывались необходимостью усмирить людей, стремящихся к тираническому господству над национальным представительством, и тем обеспечить внутренний мир. Бонапарт, окруженный генералами и офицерами, немедленно отправился на заседание совета, где произнес короткую речь с обещанием поддерживать «республику, основанную на истинной гражданской свободе и на национальном представительстве». Так, путем заговора в верхах и опираясь на преданных ему военных, Наполеон под предлогом спасения Республики от мифических врагов назначил себя командующим Парижским военным округом и, разогнав высшие органы власти, установил режим правления трех консулов. Первым из них, то есть фактическим главой Французской республики, стал он сам. В 1802 году Бонапарт стал пожизненным консулом, а 18 мая 1804 года императором Наполеоном I.