Пережив расставание с несостоявшимся женихом, Дезире с сестрой Жюли и ее мужем уехали в Италию, куда тот был назначен послом. Но бывший жених, пытаясь устроить ее будущее, невольно наносит ей очередной удар. «Наполеон, заботясь о судьбе Дезире, – пишет публицист Владимир Скачко, – „предписывает“ ей в мужья 26-летнего красавца и отважного французского генерала Леонарда Дюфо. Наполеон пишет Жозефу в Рим, где также находилась и Дезире: „Тебе передаст это письмо генерал Дюфо. Он будет говорить тебе о своих намерениях жениться на твоей свояченице. Я считаю этот брак очень выгодным для нее, потому что Дюфо – отличнейший офицер“. Дело сладилось и тоже уже шло к свадьбе, но генерал был убит в 1797 году восставшей чернью, которая пыталась расправиться с французским послом. По данным некоторых источников, убит прямо на глазах невесты. Все той же Дезире…» Но Наполеон на этом не успокоился. После трагедии с Дюфо он назначил «в женихи» для Дезире своих адъютантов Мармона и Жюно, но оба они были ею отвергнуты.
Дезире Клари вернулась во Францию. В это же время в Париж приехал и Жан Батист Бернадот. Молодой офицер не обходит стороной ни один модный салон, но в высшем свете, по словам историка А. Егорова, он «обращает на себя внимание скорее своей внешностью, нежели своим умом». Подтверждением могут служить слова мадам де Шанте, которая, повстречав Бернадота на одном из вечеров у Барраса в июне 1798 года, вспоминала: «Он относится к тем людям, которых нельзя было не заметить при встрече и не спросить других о том, кто это такой». На одном из таких приемов, устроенном братом Наполеона Жозефом, Бернадот увидел очаровательную Дезире. Следует сказать, что он уже давно был знаком с ней, так как в 1789 году квартировал у них в доме. С тех пор робкая девочка-подросток превратилась в стройную, грациозную девушку с бархатными глазами. Дезире тоже обратила пристальное внимание на высокого черноволосого офицера с ослепительной улыбкой. А когда он сделал ей предложение, она ответила согласием, несмотря на пятнадцатилетнюю разницу в возрасте. 17 августа 1798 года они поженились. По словам биографа Фредерика Масона, Бернадот был для Дезире «неплохой партией, но характер у этого якобинца самый несносный; педант и зануда, он вел себя как скучнейший школьный наставник, не было в этом беарнце ни живости, ни огня, да и любезностью он не блистал, зато рассчитывал свои поступки с точностью арифмометра, искусно скрывая двойную игру. Педантичная мадам Сталь была для него первой среди женщин, а свою жену во время медового месяца он заставлял писать диктанты». Выбор, сделанный Дезире Клари, не очень нравился и Наполеону, поскольку Бернадот был не только ярым якобинцем, но и слыл его личным врагом. Тем не менее, Бонапарт послал своей бывшей невесте пожелания счастья.
Дезире всячески демонстрировала на людях свою любовь к мужу. Герцогиня д’Абрантес в своих мемуарах писала: «Она его любила, но любовь стала для бедного беарнца сущим бедствием. Он отнюдь не был героем ее чувствительного романа, и поведение жены приводило его в недоумение. Это были непрерывные слезы. Когда он уезжал, она плакала; когда он был в отъезде, она тоже лила слезы; и даже когда он возвращался, она рыдала оттого, что через неделю снова должен уехать». Другого мнения о замужестве Дезире историк А. Егоров: «Это был странный брак, потому что благодаря ему Бернадот входил в семью Бонапартов, хотя глава клана, Наполеон, терпеть его не мог. Впрочем, и сама Дезире решилась на брак скорее всего не из любви к Жану Батисту, а „в пику“ своему прежнему воздыхателю. Во всяком случае, когда много лет спустя ее спросили о том, почему она вышла замуж за Бернадота, Дезире, не задумываясь, ответила: „Потому что он был солдат, способный противостоять Наполеону“».
Да, поначалу мадам Бернадот руководило желание делать все назло предавшему ее возлюбленному, доказать, что он сделал неправильный выбор. Но он по-прежнему оставался ее единственной любовью, а к законному супругу она чувствовала привязанность, и не более того. Такого мнения придерживался известный французский писатель XX века Ги Бретон – автор книги «Наполеон и женщины»: «Несмотря на эту наивную привязанность (к мужу.