В 1805 году начинается война с европейскими монархами, и маршалу Бернадоту поручается командование 1-м корпусом Великой армии, в составе которой – больше солдат-баварцев, чем французов. Один из его биографов считает, «что в этом лишний раз проявилось недоверие к нему Наполеона. Император „всегда заботился, чтобы Бернадот никогда не имел под своим началом французских солдат“. И в последующих кампаниях Жан Батист командовал не французскими, а „интернациональными“ (союзническими) воинскими контингентами: в 1807 году – поляками, в 1808-м – голландцами и испанцами, в 1809-м – поляками и саксонцами». И, тем не менее, это не мешает Бернадоту одерживать победы на военном поприще. Так, 20 октября 1805 года австрийский генерал Мак капитулирует со своей армией под Ульмом, и способствовал этому маршал Бернадот. Но бывали у него и неудачи. Так, когда Бонапарт поручил Жану Батисту с его первым корпусом совершить форсированный маневр – зайти во фланг, окружить армию и принудить русских солдат сложить оружие – из этой затеи ничего не вышло. Но тут главным союзником русских выступила погода. Бернадот не справился из-за размытых осенними дождями дорог и сильных снегопадов, превративших Дунай в настоящее море. В результате к установленной позиции он явился с трехдневной задержкой. Вот как описывает дальнейшие события историк А. Егоров: «„Я утешаюсь мыслью о том, – докладывает Бернадот Наполеону, – что Вашему величеству хорошо известны трудности форсирования войсками реки там, где нет никакого моста“. Объяснения бесполезны. Властелин разгневан. „Бернадот заставил меня потерять день, – с раздражением пишет он своему брату Жозефу, – а от одного дня зависят судьбы мира. Каждый день все более и более убеждает меня в том, – продолжает он, – что люди, которых я воспитал, – самые лучшие. Как и прежде, я доволен Мюратом, Ланном, Даву, Сультом, Неем и Мармоном“». Бернадота среди них нет. Можно представить, какие чувства испытывал Жан Батист.
Эти и другие разногласия никоим образом не способствовали их сближению. И несмотря на это, Бернадот все же пытался заслужить расположение Наполеона. «Лез из кожи вон, участвуя наряду с кавалерией Мюрата в преследовании остатков прусской армии… Он заставил пруссаков капитулировать под датским портом Любеком. Безжалостным преследованием пруссаков Бернадот не дал им погрузиться на корабли и отплыть в Англию. Этим маневром он частично искупил свои грехи перед братьями по оружию, по Великой армии. Но Бернадот не успокаивается победой под Любеком и в следующем бою под Галле разбивает в пух и прах последний прусский резерв под началом принца Фридриха Вюртемберского…» – писал Я. Нересов. Да, безусловно, Бонапарт «заметил» эти победы Жана Батиста, но его поражения были ему «еще заметнее». Наполеон чувствовал ненадежность Бернадота и при первом удобном случае убрал от себя подальше, при этом унизив его как военачальника. Казалось, что его яркая биография на этом бы и закончилась, если бы не шведская корона.
28 мая 1810 года в Швеции умер принц Христиан Август Шлезвиг-Гольштейнский – двоюродный брат короля Карла III и наследник шведского престола. В октябре 1810 года Жан Батист прибыл в Швецию. 19 октября в присутствии архиепископа Упсальского Бернадот отрекся от католицизма и принял лютеранство. Затем состоялась судьбоносная встреча наследника шведского трона и того, кто царствовал. Шведский король был очарован своим преемником. «Мой дорогой генерал, – сказал он своему адъютанту, когда встреча подошла к концу, – я безрассудно рисковал, но полагаю, что выиграл», – отмечает историк А. Егоров. Наполеон перед тем как отпустить Бернадота на новую родину, пытается получить гарант лояльного отношения к Франции и к нему. Он просит будущего короля Швеции подписать специальную грамоту, где тот обязуется не выступать против Франции. Жан Батист в гневе отверг это предложение. И Бернадот, ставший наследным принцем Швеции Карлом Юханом, не только не пошел войной против России в 1812 году, но и в тяжелый час для Бонапарта – в 1813 году – приложил все усилия, чтобы, объединившись с Англией, Пруссией, Россией и Австрией, отомстить своему обидчику. Некоторые историки считали, что Бернадот вступил в антифранцузский союз, желая заполучить Норвегию. Другие историки считали, что он намеревался впоследствии с помощью Александра I занять французский престол.