В ходе суда довольно подробно разбирали эпизод полета Руста над Красной площадью. В распоряжении следствия было больше 20 минут любительских съемок — в этот момент там оказалось восемь человек с кинокамерами, которые представили свою съемку. Дело было расследовано и направлено в суд достаточно оперативно. Да и сам процесс прошел очень быстро. Советское руководство не хотело выглядеть в глазах Запада жестоким и по-большевистски суровым.
Во время следствия Руст сидел в Лефортово в отдельной камере. Его хорошо кормили, он смотрел телевизор, читал. Советский журналист спросил мать Руста, каковы условия содержании ее сына. Она ответила: «Очень хорошее отношение». — «Довольны ли вы адвокатом?» — «Да!»
Владимир Иванович Андреев, с которым мне довелось в то время работать в прокуратуре Союза ССР, в 1987 году сначала осуществлял надзор за следствием по делу Руста. Потом стал государственным обвинителем на судебном процессе. Он мне рассказывал: «Я спрашивал его: „Как же вы могли сесть в черте города? Могли погибнуть же люди?“ Он смотрит на меня, улыбается: „А я об этом не подумал“. И так чуть ли не на все вопросы: „Почему ты сделал это? Почему это?..“ — „Я не подумал“. Я, как прокурор, был глубоко убежден, что меру наказания он должен получить серьезную. Существовала мировая практика по наказанию за такие действия. За пролет в Париже под мостом французский летчик получил двенадцать лет. Я, как прокурор, просил для Руста восемь лет…»
Адвокат Руста Владимир Яковлев построил защиту Руста на утверждении, что тот летел в Москву с миссией мира: «Говоря о намерении Руста прилететь в Москву с миссией мира, нужно четко поставить точку — или Руст приехал с благородной целью мира, дружбы между народами, или были у него какие-то иные мотивы…»
Но Руст в суде толком так и не ответил на этот вопрос. Он вел себя так, будто прибыл просто покрасоваться, поучаствовать в шоу.Перед судом Руст прошел психиатрическую экспертизу. Его признали нормальным. Но часто то, что он говорил на процессе, не было похоже на речь нормального человека. Вот примеры. «Скажите, когда вы увидели, что к вам приближается военный самолет, у вас не возникло чувство страха?» — «Нет, я был настолько уверен в величии моей миссии, что летел вперед». — «А если бы он вас сбил?» — «Ну, на мне же был шлем». — «Вы летели над аэропортом „Шереметьево“… Вы думали о том, что может произойти столкновение или авария, что в результате вашего безответственного полета могут погибнуть люди? Невинные люди?» — «Да, конечно, я не исключал такой возможности, что погибнут люди, но ради величия моей цели можно было пожертвовать человеческими жизнями… Я же и сам рисковал своей жизнью. Но величие цели в то время заслоняло все остальное»
. Оценивая все это, государственный обвинитель Андреев все чаще думал, что Руст пребывает на тонкой грани нормальности и ненормальности. Да, он не больной, но в то же время налицо признаки какого-то глубокого заболевания, интеллектуальной отсталости или заторможенности.