Почти все явления, связанные с европейской конкистой, нашли свое отражение и повторение при расширении Российской империи: жестокое и кровавое миссионерство, насильственная христианизация покоренных народов, уничтожение национальных культур и культовых предметов малых народов, военные «усмирения»… Наиболее мрачную память о себе оставила Новокрещенская контора, активная конкистадорская деятельность которой стала причиной многочисленных народных волнений. Под видом сохранения «чистоты» православия повсеместно насаждалась религиозная нетерпимость, а переход из православия в другие религии жестоко и беспощадно карался.
Православная инквизиция в России стала главным очагом невежества и мракобесия. РПЦ препятствовала распространению грамотности и развитию науки, часто была инициатором травли наиболее талантливых ученых и учителей. Вековечное отставание России от Запада во многом обязано дремучести малограмотного и бескультурного духовенства, невосприимчивого к новациям, культуре и литературе. Данте и Шекспир не случайно пришли на русскую землю лишь к концу XIX века — даже знаменитая византийская библиотека, попавшая в Москву после женитьбы Ивана III на греческой царевне Зое-Софье Палеолог (1472), оказалась невостребованной. До конца XVII в. в Москве не было никаких общественных школ и академий. Когда братья Лихуды основали в Москве Славяно-греко-латинскую академию, то вскоре были отстранены от должностей за преподавание физики и философии. Под запретом чуть ли не вплоть до начала XX в. находились игра в шахматы и спортивные игры. Преподобный Варсонофий Оптинский говорил о появившемся в России футболе: «Не играйте в эту игру и не ходите смотреть на нее, потому что эта игра введена диаволом и последствия ее будут очень плохие».
Циркуляром министра народного просвещения 1833 года попечителям учебных заведений предписывалось «наблюдать строго, чтобы в уроках профессоров и учителей не укрывалось ничего, колеблющего или ослабляющего учение православной веры». Требовалось также «строго наблюдать», чтобы «в книгохранилищах, назначенных для употребления учеников, не было книг, противных вере».
В 1901 году (!) харьковский епископ Амвросий писал, что развитие науки приводит к росту неверия, а ученых называл «опаснейшими врагами церкви». Епископ Иннокентий призывал отказаться от научного мировоззрения и вернуться к вере. В 1905 году московский епископ Никон обвинял московских профессоров в том, что они погубили юношество и вовлекли его в революцию. Того же мнения придерживался и петербургский митрополит Антоний Вадковский.
Церковные гонения распространялись практически на все науки — от физики, геологии и астрономии до философии и педагогики (было, было у кого учиться большевикам-ленинцам!).
В 1757 году Синод потребовал «приостановить» научную деятельность Ломоносова, призвавшего «особливо не ругать наук в проповедях», придать сожжению его произведения, отослать Ломоносова в Синод «для увещания и исправления».
В 1764-м закрыт организованный Ломоносовым при Академии наук научно-художественный журнал «Ежемесячные сочинения к пользе и увеселению служащие», в котором публиковались статьи по астрономии, «вере святой противные и с честными нравами несогласные».
В 1743-м, по требованию цензуры, изъят изданный Академией наук астрономический календарь, в котором духовная цензура нашла сведения о планетах, «к соблазну народному склонные».
РПЦ выступала с критикой гелиоцентрической системы мира вплоть до начала XX века (!). До 1815 года, с одобрения цензуры, издавалось школьное пособие «Разрушение коперниковской системы», в котором автор называл гелиоцентрическую систему «ложной системой философической» и «возмутительным мнением».
Последним произведением, в котором критиковалась гелиоцентрическая система, стала вышедшая в 1914-м книга священника Иова Немцева «Круг земли неподвижен, а Солнце ходит».