Православная церковь располагала разветвленными органами, созданными для расследования дел против религии и церкви — Приказом духовных дел, Приказом инквизиторских дел, Раскольнической и Новокрещенской конторами и др. В духовном приказе рассматривались дела о богохульстве, еретичестве, волшебстве, святотатстве. Дела против веры и церкви вело также организованное при Синоде в 1721 г. тиунское управление. Приказ духовных дел наблюдал за «чистотой» православия, расправлялся с раскольниками и еретиками. Приказ инквизиторских дел вел следствие по делам «интересным» и «безгласным». Он имел большой штат инквизиторов как в Москве, так и на местах; возглавлял его протоинквизитор, архимандрит московского Данилова монастыря Пафнутий. В распоряжении Приказа инквизиторских дел были свои подьячие, своя охрана и собственная тюрьма. Настоящим инквизиторским застенком являлась и Раскольническая контора, существовавшая до 1764 г. С организацией духовных консисторий (1744 г.) дела о религиозных преступлениях перешли в их ведение. Консистории производили розыск по делам против веры и церкви, сажали в свои тюрьмы обвиняемых, чинили над ними суд и расправу. Наиболее важные дела вел непосредственно Синод. Он применял такие же инквизиционные методы воздействия, как и другие церковные организации. Монастырские власти вели следствие над неугодными правительству и церкви людьми, держали их в жестоком тюремном заключении.
При Синоде РПЦ в 1723 г. была организована особая розыскная раскольническая канцелярия, во главе которой стояли инквизиторы — архиепископ Феофилакт Лопатинский и иеромонах Афанасий Кондоиди. По данным Синода, из 190 тысяч записавшихся в раскол с 1716-го по 1737 г. обращено в православие, бежало, сослано на каторгу и умерло в результате гонений и казней 111 тысяч.
Андрей Денисов в «Повести о жизни Никона» сравнивал участь раскольников с участью первых христиан в Римской империи. Перечисляя орудия пыток — бичи, клещи, тряски, плахи, мечи, срубы, — он упоминал и о железных хомутах — типичном орудии инквизиции: «Хомуты, притягивающие главу, руки и ноги в едино место, от которого злейшего мучительства по хребту лежащие кости по суставам сокрушаются, кровь же из уст, и из ушей, и ноздрей, и из очей течет».
Кровавый террор над раскольниками был освящен церковным собором 1666–1667 гг. Собор во главе с патриархом оправдал любые инквизиционные действия против раскольников и подвел под них теоретическое обоснование; противников церкви, ссылаясь на решения первых Вселенских соборов, осудили на различные «томления», то есть казни. В соответствии с решениями этих соборов, еретиков избивали воловьими жилами, им резали языки, руки, ноги, возили с позором по городу, а затем бросали в тюрьмы, где содержали до самой смерти.
Только в РПЦ практиковалось заключение староверов в «земляных тюрьмах» (правильнее говоря, в подземных). Такие тюрьмы существовали не только в Соловецком, но и в других монастырях. Они представляли собой вырытые в земле сырые погреба, в которые опускали живого человека, часто скованного по рукам и ногам. В подобных тюрьмах водились крысы, которые нередко нападали на беззащитного узника; были случаи, когда крысы объедали нос и уши у сидевших в подземной тюрьме «преступников» (староверов). Давать им что-либо для защиты от крыс строго запрещалось, а виновные в нарушении запрета сурово наказывались. Согласно одному из свидетельств, караульщик Соловецкой земляной тюрьмы, давший заключенному палку для обороны от крыс, был «за такую поблажку бит нещадно плетьми».