В 1944 г. дипломатов, внёсших значительный личный вклад, а достижений у них было немало, Наркомат иностранных дел предлагает отметить высокими государственными наградами, А.С. Панюшкина орденом Боевого Красного Знамени. Списки подали И.В. Сталину и он, зачеркнув это предложение, написал: «Орденом Ленина». В Указе Президиума Верховного Совета СССР указано, что награждение произведено за выдающиеся заслуги перед советским государством и успешное выполнение заданий Правительства.
Следующий этап советско-китайского сотрудничества был связан с непосредственной подготовкой и осуществлением вступления СССР в войну с Японией, но А.С. Панюшкин участвовал в нем уже из Москвы.
Колоссальные информационные потоки, физическое напряжение и интенсивные поездки по стране, ни с чем не сравнимые каждодневные эмоциональные и психологические нагрузки на протяжении почти 5‑ти лет, неблагоприятные климатические и санитарные условия привели к рецидиву старого заболевания, на которое наложились новые болячки. Но ситуация была еще хуже… Среди иностранного дипломатического корпуса распространялись слухи о возможном отравлении советского посла, особенно с учетом исторических особенностей и китайского менталитета, оставался единственный вопрос — кто мог на такое пойти? В середине мая 1944 г. Александр Семенович вместе с семьей едет в Москву, где проходит полное обследование и длительное лечение. Несмотря на то, что молодой организм успешно поборол недуг, врачи запрещают ему продолжить работу в Китае.
Официально А.С. Панюшкин с 28 августа 1939 г. выполнял функции полномочного представителя СССР, а с 16 февраля 1943 г. в ранге Чрезвычайного и Полномочного посла Советского Союза, до 3 апреля 1945 г.
Один из ветеранов внешней разведки, работающий в самом начале своего профессионального пути в чунцинской резидентуре с Александром Семеновичем, позже вспоминал, что Панюшкин был энергичным, обаятельным человеком, требовательный к себе и другим. Простота, скромность, принципиальность, чуткость и внимательность к людям, особенно к начинающим сотрудникам, снискали ему большое уважение коллектива советской колонии.