В мае 1997 года Григорий Лернер был арестован в аэропорту Бен-Гурион по подозрению в обмане вкладчиков и махинациях на сумму 100 миллионов долларов. Внимание полиции привлекла подозрительная активность Лернера в начале весны, когда он начал сворачивать дела, распродавать имущество, вплоть до личных автомобилей, осуществлять перевод капиталов на счета в Старом и Новом Свете. Арест был произведён буквально на трапе самолёта, следовавшего в США чартерным рейсом. В кармане у него было 50 тысяч долларов наличными. Лернера объявили главой «русской мафии». На допросы его возили под охраной полицейских вертолётов. В следственную группу по делу Лернера вошло 120 специалистов различных профилей, которым приходилось вылетать в загранкомандировки на Кипр, в Швейцарию, Россию и Люксембург. Был пущен слух о том, что россияне попытаются освободить своего мафиози прямо в зале суда. Во время процесса здание суда окружали вооружённой охраной, а в небе кружили вертолёты. В мае 1998 года он был приговорён к шести годам тюрьмы и штрафу в полтора миллиона долларов. За отказ уплатить штраф суд добавил ему ещё два года.
Пока он сидел, появился миф об олигархе – заступнике русской алии. В печати периодически публиковали информацию об ужасных условиях содержания Лернера – в одиночной камере, в которой до него сидел охранник нацистского лагеря смерти «Треблинка» Иван Демьянюк. Как потом оказалось, камера Ивана Демьянюка являлась лучшей из возможных. За узником наблюдал весь мир – все правозащитные организации и вся канадская украинская община. Все следили за условиями содержания Демьянюка и придирались к каждой мелочи. Камера эта мало чем отличалась от гостиничного номера: в ней имелись телевизор, магнитофон, неограниченное количество кассет.
В феврале 2003 года Лернер был условно-досрочно освобождён, а спустя несколько месяцев стал бизнес-консультантом крупной нефтяной компании «Роснефтегазинвест» и, как тогда писали, «обратился к новым репатриантам, чтобы они вместе с ним могли заработать на своих сбережениях». Русскоязычные газеты помещали рекламу Лернера, в которой он предлагал «…вложить деньги в акции компании “Роснефтегазинвест” и получать прибыль около двух процентов в месяц, то есть в четыре-пять раз большую, чем банковский кредит». Компания Лернера собиралась поставлять в Израиль и другие страны Средиземноморья дешёвую российскую нефть.
Многие поверили бизнесмену. Через некоторое время инвесторы, не видя никаких движений по поставкам нефти и газа, потребовали возвращения вложенных денег. Лернер выписал банковские чеки, которые оказались без покрытия. Инвесторы обратились в полицию. В феврале 2006 года Лернер в рамках юридической сделки признал себя виновным в мошенничестве, подделке документов и отмывании денег. Суд отложил дальнейшее разбирательство по этому делу до мая 2006 года, чтобы позволить Лернеру собрать необходимую сумму и возместить ущерб пострадавшим.
Однако 10 марта он вместе со своим напарником Львом Смоляницким бежал из Израиля по поддельному паспорту на имя Валерия Бронштейна – тёзки единственного сегодня родственника Льва Троцкого. Беглецы отправились на Кипр, откуда вылетели в Парагвай. У этой страны нет договора с Израилем о взаимной выдаче преступников. Трудно сказать, сколько времени потребовалось бы израильской полиции, чтобы выйти на след Лернера, если бы не его поведение. Горничная гостиницы в Асунсьоне вынуждена была дважды вызывать скорую помощь и полицию к лежавшему без чувств постояльцу одного из шикарных номеров. И оба раза оказывалось, что постоялец просто мертвецки пьян. Парагвайская полиция сфотографировала постояльца и направила фотографии в Интерпол и Израиль. Тут же было установлено, что постояльцем является Григорий Лернер. При обыске в его номере были найдены полтора миллиона евро и 120 тысяч долларов наличными.
Начались переговоры между Израилем и Парагваем о выдаче Лернера. Парагвайские власти не могли найти объяснения тому, откуда у Лернера оказалась столь крупная сумма наличных денег, и начали подозревать его в торговле оружием и наркотиками. Наконец израильская полиция добилась выдачи обоих беглецов. Однако деньги, обнаруженные у Лернера, по решению генерального прокурора Парагвая остались в госбанке этой страны до выяснения их происхождения. Вероятнее всего, эти деньги принадлежат доверчивым вкладчикам его компании. После исчезновения Лернера все филиалы компании «Роснефтегазинвест» были закрыты, и лишь на огромном здании центральной автостанции Тель-Авива большущий плакат с портретом Григория Лернера и девизом «Нефть и газ – самый надёжный бизнес» ещё какое-то время напоминал о том, с каким размахом действовала эта компания.