В конце ноября 1978 г. Софья Васильевна, только что выйдя из больницы (где провела полтора месяца из-за холецистита и воспаления желчного пузыря), перевезла к себе, на Воровского заболевшую раком восьмидесятидвухлетнюю Наталью Васильевну, которая, правда, держалась с редким мужеством — в этом не уступала младшей сестре. Никто не слышал от нее ни жалобы, ни стона, и до последних дней она себя обслуживала. Новый, 1979 г. мы встречали на Воровского все вместе — со всеми детьми и внуками. Наталья Васильевна сидела во главе стола, со строгой осанкой бывшей институтки (она всю жизнь переживала, что мы — Соня, я, дети — «горбимся»). В огромной прихожей нашей коммуналки, украшенной гирляндами, были веселые танцы, прыгали ребятишки. А в два часа ночи начался потоп. Из-за небывалых для Москвы сорокаградусных морозов лопнули трубы отопления. Вода лилась и в квартиру, и в шахту лифта, и на лестницу. К утру вся лестничная клетка была в сталактитах и сталагмитах. Спуститься можно было только с ледорубом. Мы с мамой начали разрабатывать план эвакуации, но Наталья Васильевна решительно сказала, что никуда не поедет, можно потеплее одеться и включить рефлектор (слава Богу, электричество работало). Так мы, промучавшись несколько дней, дождались, пока восстановили отопление и скололи лед. А в феврале Наталья Васильевна умерла.
Софья Васильевна писала своей двоюродной сестре Лиде Поповой: «4 мая 1979 г. Дорогая Лидочка! Получила твое письмо, грустное и заботливое… В праздничные дни ездили с Марго и Галочкой, с Таней — женой Димы, и самым младшим моим правнуком в сад… Там без Наточки сиротливо и пусто. Она так мечтала (еще за несколько дней до конца) поехать в свой любимый сад, посадить морковку. Вот мы и съездили. Морковку посадили… Сама я твоему совету насчет санатория не последую. Только со своими родными и друзьями рядом еще можно жить. Пока я чувствую себя вполне сносно, а уж если разболеюсь, то для меня на Пироговке найдется койка. Там не хуже, чем в санатории, и буду со своими, а не с какими-то чужими тетками. Желаю тебе бодрости и сил. Мы еще нужны своим взрослым детям, и надо крепиться. Крепко тебя целую. Соня».
Настроение у Софьи Васильевны не блестящее: аресты следуют за арестами; вынуждают к отъезду за границу Татьяну Ходорович и Людмилу Алексееву; в конце октября арестовывают Татьяну Великанову, на следующий день священника Глеба Якунина. Софья Васильевна пишет в открытом письме в защиту Великановой: «Я не только знаю об этой деятельности, но в меру своих сил и способностей делаю то же самое. Убеждена, что вся правозащитная деятельность Великановой, как и моя, является легальной, открытой и не содержащей в себе никакого криминала. Я заявляю, что готова вместе с Т. М. Великановой и наряду с ней отвечать перед любым гласным и открытым судом».
А в ноябре 1979-го она снова на своей «любимой» Пироговке — на этот раз с тяжелейшей пневмонией. Уже в больнице она узнает, что 4 декабря арестованы Валерий Абрамкин и Виктор Сорокин — члены редакции журнала «Поиски», 7 декабря — Виктор Некипелов. Здесь же она редактирует и подписывает Хельсинкские документы об этих арестах. Под Новый год начинается война в Афганистане. Сразу после выписки Софьи Васильевны с ее участием составляются документы: 118 — о преследованиях верующих, 119 — о вторжении в Афганистан, 120 — о разгроме журнала «Поиски».
КГБ надеется окончательно расправиться с инакомыслием и наносит решительный удар: 8 января 1980 г. выходит указ о лишении Андрея Дмитриевича Сахарова всех наград и званий трижды героя, а 22 января его увозят в Горький. Кроме Хельсинкского документа 121 в защиту Сахарова, вышедшего 29 января, семь человек — С. Каллистратова, В. Бахмин, И. Ковалев, А. Лавут, Т. Осипова, А. Романова, — посылают письмо в комиссию ООН по правам человека. «Мы надеемся, что позорная акция советских властей по отношению к А. Д. Сахарову, равно как и общая кампания по подавлению правозащитного движения в целом <…> получат должную оценку», — пишут они. К лету на свободе лишь трое из них: в феврале арестовывают Бахмина, в апреле — Терновского и Лавута, в мае — Осипову. В июне после многочисленных обысков и допросов уезжает на Запад Ярым-Агаев. В Московской Хельсинкской группе остаются четверо — Е. Боннэр, С. Каллистратова, Н. Мейман, И. Ковалев.