Тупак Амару достиг площади и взошел на обитый черной материей эшафот вместе с епископом Агустином де ла Корунья. «Когда все то множество индейцев, которые совершенно заполнили площадь, увидели это горестное зрелище [и поняли], что их владыка Инка должен там умереть, они огласили небеса воплями и стенаниями. Его родственники, находившиеся рядом с ним, сопровождали эту скорбную трагедию слезами и рыданиями».
Перед казнью Тупак Амару выступил с эшафота с замечательной речью. Бесстрастный свидетель Антонио Саласар, казначей Толедо, писал, что «Инка Тупак Амару поднял обе руки, делая знак, похожий на тот, которым индейцы обычно приветствовали своих владык». Гарсиласо так описал этот жест: «Инка поднял правую руку с раскрытой ладонью и накрыл ею правое ухо. Затем он стал постепенно опускать руку, пока она не остановилась на правом бедре». «Повернувшись лицом туда, где было больше всего вождей, он громко сказал на своем языке: „Ойари гуайчик!“ И это был человек, стоящий на краю гибели. Едва ли его могли слышать те, кто находился в непосредственной близости от него. Но плач, стенания и крики мгновенно прекратились. Я думаю, что все сдерживали даже само дыхание, и наступила такая тишина, как будто на площади не было ни единой живой души: таковы были авторитет и власть Инки над своими подданными».
«По утверждению переводчиков, находившихся на эшафоте, и других людей, стоявших поблизости, у которых были взяты свидетельские показания, то, что он сказал на своем языке, в кратком изложении звучало так: „Вожди, вы пришли сюда из всех четырех суйю. Да будет вам известно, что я стал христианином. Они крестили меня, и я желаю умереть, осененный законом Божьим. И я должен умереть. Все, что я и мои предки Инки говорили вам до этого — что вы должны поклоняться Солнцу Пунчао, уака, идолам, камням, рекам, горам и вилька, — это абсолютно ошибочно. Когда мы говорили вам, что мы идем беседовать с Солнцем, что оно разговаривает и советует вам делать то, что мы вам приказываем, это было неправдой. Солнце не говорило, говорили только мы: ведь оно сделано из золота и не может разговаривать. Мой брат Титу Куси сказал мне, что всякий раз, когда я пожелаю приказать индейцам сделать что-либо, мне следует одному зайти к идолу Пунчао, „…“ потом мне следует выйти и сказать индейцам, что идол говорил со мной и сказал то, что я хотел сказать им“.
Это поразительное открытое осуждение религии инков казалось слишком уж хорошим, чтобы быть настоящим, с точки зрения испанцев. Спустя месяц после этого события сам вице-король Толедо написал кардиналу Сигуэнсы, выражая свое удивление и удовлетворение: «На эшафоте Инка Тупак Амару сделал признание, которое принесло наибольшую пользу в деле обращения этих народов в христиан».
«Затем Инка получил утешение от святых отцов, которые находились подле него, и, попрощавшись со всеми, положил голову на плаху, как ягненок. После этого вперед вышел палач [индеец из племени каньяри]». «Он завязал ему глаза, положил его голову на плаху и, взяв голову за волосы левой рукой, отсек ее саблей с одного удара. Затем он поднял ее высоко, чтобы всем было видно. Как только голова была отрублена, в соборе начали звонить в колокола, а затем начался колокольный звон во всех монастырях и приходских церквах города. Казнь вызвала у всех величайшую скорбь и слезы».
Тело Тупака Амару было отвезено в дом его сестры Доньи Марии Куси Уаркай, вдовы Сайри-Тупака. На следующий день после мессы «тело Инки было погребено в часовне собора членами монашеских орденов. Епископскую мессу отслужил Агустин де ла Корунья, отрывок из апостольского послания прочел каноник Хуан де Вера, а проповедь — каноник Эстебан де Вильялом. Все священнослужители города присутствовали на похоронах, каждый из которых сказал свое слово, и все они слили свои голоса в пении заупокойной мессы над телом Инки… Все были охвачены скорбью; месса шла в сопровождении органа, так как Инка был владыкой. На девятый день все похоронные почести повторились, все служители церкви снова собрались и, согласно правилам, отслужили мессы, из чего можно сделать вывод, что Инка пребывает с нашим Господом Богом».
Толедо приказал, чтобы голову казненного Инки водрузили на шест. Но Хуан Сьерра де Легисамо заметил, что много индейцев толпятся вокруг него ночью, оплакивая и поклоняясь своему Инке. Как написал сам Толедо, «нельзя было позволить, чтобы его голова находилась на шесте более двух дней, так как никакое наказание не смогло бы [положить конец] тем знакам обожания, которые они проявляли по отношению к ней, или воплям и стенаниям десяти или пятнадцати тысяч туземцев, которые присутствовали на площади при казни и слышали его признание». Голову сняли и похоронили вместе с телом.