Толедо и Лоарте зашли слишком далеко в этом фальсифицированном судебном процессе, вынеся суровые приговоры. Вскоре им пришлось столкнуться с мощной оппозицией, которая была гораздо эффективнее оппозиции служителей церкви, пытавшихся в течение одиннадцати часов спасти Тупака Амару. Еще в декабре 1572 года три оидора Аудиенсии Лимы упрекнули Лоарте в том, что он не позволил обвиненным Инкам обжаловать приговор. Карлос и другие знатные Инки вскоре стали предметом правовой и политической борьбы между Аудиенсией Лимы и вице-королем, который продолжал свою инспекционную поездку по провинции Чаркас. Толедо пришел в ярость, когда услышал про эту оппозицию. Он продиктовал одно постановление 31 января 1573 года, находясь в Потоси, другое было датировано 2 июня в Ла-Плате, а третье вышло в Килакиле в ноябре. Во всех трех документах он подчеркивал, что он действовал против Инков в качестве главнокомандующего военного времени, поэтому дело не входит в юрисдикцию Аудиенсии Лимы, так что подсудимые должны быть отправлены из Лимы к месту их вечной ссылки. Власти в Лиме проявили открытое неповиновение. Один адвокат привел на важную церковную службу маленького принца, очевидно, юного сына Тупака Амару по имени Мартин, и громко сказал с сарказмом самому старшему оидору, чтобы все слышали, что именно
В конце апреля королю Филиппу было отправлено несколько прошений, в том числе и от самих лишенных наследства Инков, в которых они обвиняли Лоарте в нарушении процессуальных норм и присвоении конфискованных у них владений. Они ссылались на свою невиновность и умоляли позволить им предстать перед самим королем. Они резонно доказывали, что они никогда не стали бы поддерживать связь с Инкой в Вилькабамбе из-за вражды, которая существовала между их отцами. А также они жаловались на то, что в Лиме они голодают.
В декабре 1573 года эти петиции попали к королю, который приказал немедленно провести полное расследование действий Лоарте. Постоянно проживающий в Лиме судья Санчес Паредес составил список вопросов, для ответов на которые было вызвано более 50 свидетелей. Роберто Левильер обнаружил протокол этого процесса в архиве Индий: текст состоит из более чем 3 тысяч рукописных страниц. Большинство свидетелей согласились с тем, что были моменты, когда перевод искажался, и были моменты, когда свидетелей запугивали. Д-р Лоарте стал энергично защищаться. Он признал, что, когда Дон Гарсия Ингиль Топа упорствовал в нежелании раскрыть связь между Инкой в Куско и Инкой в Вилькабамбе, о которой он обязан был знать, «возникла необходимость пригрозить пыткой… в результате которой он сказал правду… Закон допускает это в таких серьезных делах или когда речь идет об измене». Но аргументы д-ра Лоарте не имели успеха. Когда магистрат, проводивший опросы, отослал все страстные обвинения и контробвинения в Испанию, на Лоарте был наложен ряд крупных штрафов. Он судил, основываясь на зыбких доказательствах, использовал сомнительные методы ведения дел и вынес приговор с чрезмерной суровостью.
В начале 1574 года король отменил приговоры, вынесенные знатным Инкам. Толедо был в ярости. Он принял твердое решение избавить Куско от Инков и был убежден, что их возвращение к власти будет представлять собой постоянную угрозу правлению испанцев. Он написал одному из своих друзей, что «это королевское послание относительно приговора, который я вынес Дону Карлосу, Дону Фелипе и другим мятежным Инкам из Вилькабамбы, может причинить больше вреда и ущерба в этой стране, чем что-либо другое». Толедо также получил мягкий упрек от короля Филиппа, который написал, что, хотя он и доволен результатами похода на Вилькабамбу, «некоторые подробности, касающиеся казни, уж лучше бы опустили».