В это время в защиту испанской конкисты стал выступать ученый-гуманист под стать самому Лас Касасу. Хуан Хинес де Сепульведа в 1547 году написал научный трактат, в котором излагались убедительные аргументы в поддержку завоеваний в Вест-Индии. Сепульведа был большим знатоком трудов Аристотеля и основывал свои аргументы на древнегреческой идее о том, что некоторые люди — рабы по своей природе. Его работа получила восторженную поддержку в Совете по делам Индий и была представлена на рассмотрение Совету Кастилии. Епископ Лас Касас вернулся из поездки в свою епархию в Гватемале как раз вовремя, чтобы не допустить ее публикации. Трактат был предложен на изучение двум университетам, которые объявили, что он основывается на вредной теории. Лас Касас и его последователи обладали такой властью, что им удалось запретить все книги, написанные Сепульведой в оправдание конкисты, на всей территории Испании и в Вест-Индии, хотя некоторые из них были опубликованы в Риме.
Споры разгорались. Лас Касас представил работы, в которых доказывал, что все завоевательные походы были несправедливыми и должны быть прекращены. Он говорил, что единственный способ, с помощью которого испанская корона может завладеть Америками, не подвергая опасности надежду короля на спасение его души, — это обратить индейцев в христианскую веру, после чего они станут верными подданными Испании. Вооруженное вторжение было явно не самым убедительным способом достичь этого. Король был обеспокоен. В апреле 1547 года королевская власть издала предписания, регламентирующие проведение экспедиций и завоевательных походов: оружие должно было применяться только для самообороны, а за все продовольствие и другие припасы нужно было платить. В том же году, но несколько позже, Совет по делам Индий посоветовал королю собрать богословов, чтобы решить, «каким образом следует проводить завоевательные походы, „…“ чтобы они были справедливыми и не отягощали совесть». И вот 16 апреля 1550 года король Карл издал приказ, чтобы все завоевательные походы в Новом Свете прекратились, пока собрание богословов не решит, как их следует вести. Это был необычный ход. «Вероятно, никогда раньше не было такого, чтобы могущественный император — а в 1550 году Карл V был самым сильным монархом в Европе, обладающим к тому же заморской империей, — находясь на гребне своей власти, приказывал бы прекратить свои завоевательные походы, пока не будет решено, справедливы ли они».
Жаркие дебаты на темы нравственности шли в присутствии десяти членов Совета по делам Индий и Совета Кастилии и четырех монахов, двое из которых были общепризнанными противниками завоевательных походов. Лас Касас предстал перед ними в Вальядолиде, когда наступил жаркий август 1550 года. Он подготовил трактат на латинском языке объемом 550 страниц, который он стал зачитывать пункт за пунктом в течение последующих пяти дней. Судьи слушали, пытаясь в такую жару сосредоточиться на его хвалебной речи в адрес индейцев и их достижений. Он был страстно убежден, что у всех народов в мире одинаковые желания и чувства. Индейские племена
Затем перед ошеломленными судьями выступил Сепульведа. Он не заявлял, что испанцы — это сверхлюди, хотя он доказывал, что испанская цивилизация XVI века была вершиной достижений человечества. Он также не приветствовал колониальные войны ради расширения территории — такие войны прославились в более поздние века, а испанцам в XVI веке они были отвратительны. В те времена всем хотелось, чтобы война была «справедливой», и предпочтение отдавалось слову «умиротворение», а не «завоевание». Сепульведа доказывал, что путем послушания и подражания своим испанским хозяевам индейцы смогут обрести манеры и религию и забудут свое жестокое идолопоклонство. Так как индейцы были от природы грубыми людьми, было правильным, чтобы они служили более утонченным испанцам.