Ни Лас Касас, ни Сепульведа не пытались делать различия между разнообразными племенами и обычаями индейцев. Поэтому их аргументы были неубедительными, и судьи не могли прийти ни к какой четкой точке зрения даже после того, как их созвали снова в 1551 году и добивались от них решения в течение последующих лет. Но на самом деле выиграл праведный фанатик Лас Касас, так как книги Сепульведы так и остались неопубликованными, тогда как Лас Касас продолжал сыпать своими провокационными трактатами до самой своей смерти в 1566 году. В течение всего века крайне проиндейские взгляды Лас Касаса распространялись по Испании и ее колониям в Индиях. Они также имели хождение и в остальной части Европы, так что этот необычный пример дискуссии на тему просвещенной морали способствовал возникновению легенд о жестокостях испанцев. Но в самой Испании в ходе этих споров было установлено, что индейцы — такие же люди, имеющие права любого гражданина: на собственность, гражданскую свободу, человеческое достоинство и христианское вероисповедание.
В сороковые годы XVI века в Испании вел активную деятельность еще один высоконравственный мыслитель. Член доминиканского ордена правовед Франсиско де Витория занимался изучением законных оснований передачи папой обеих Америк в дар королям Испании и Португалии. Аргументы Витории не были такими громогласными, как аргументы Лас Касаса, но его репутация заметно возросла с момента его смерти в 1546 году. Сейчас он признан основателем международного права. Витория был первым, кто стал утверждать, что этот дар папы не имел временных координат в качестве разрешения на завоевание Америк. Ни папа, ни император не были в то время властелинами всего мира. Они не могли вытеснить истинных владык над народами Америки просто потому, что индейцы отказались признать власть папы или принять веру. Витория доказывал, что испанцы имели право приплыть в Америку, жить там и проповедовать веру. У них было право вступать в союзы по инициативе индейских правителей, и они могли смещать правителей, если это было необходимо для спасения невинных жизней, которым угрожал этот правитель. Они могли браться за оружие, чтобы защитить свою свободу проповедовать веру. Но ни при каких обстоятельствах они не имели права воевать ради личной выгоды.
Сам Лас Касас теперь повернул от всеобщего человеколюбия к политическому мышлению, создав в 1553 году трактат, в котором пришел к заключению, что испанцы не имели права оккупировать земли естественных владык в обеих Индиях. В отличие от Витории Лас Касас считал, что дар папы мог иметь временную юридическую силу. Но единственной целью папы при этом было распространение христианства, что лучше всего можно было бы осуществлять при помощи назначенных местных правителей. Военное превосходство, безусловно, не было оправданием испанского завоевания, и завоеватели не имели права на то, что они отняли у индейцев. Следовало все вернуть до последнего пенни, даже если это означало бы борьбу с энкомендерос.
Все эти теоретические выкладки были далеки от реальной жизни в Перу, хотя они и способствовали непрекращающейся законодательной деятельности королевской власти от имени индейцев. Они также повлияли на отношение испанцев к королевскому дому Инков. Здесь существовал ряд противоречий. Многие испанцы презирали индейцев и смотрели на марионеточных правителей инков как на экзотические анахронизмы ушедшей цивилизации, не более чем временное средство для достижения их целей. Эти же самые конкистадоры ничего не делали для того, чтобы задержать разрушение уклада жизни, существовавшего до конкисты. Но дебаты на тему справедливости права Испании на обе Индии и насчет прав индейских «владык от природы» укрепили позиции знати инков. Теперь, когда господство Испании в Перу стало прочным, власти захотели расположить к себе оставшихся в живых Инков из-за смешанного чувства вины, законной правоты и ощущения истории. Именно в это время испанские хронисты переписали заново историю смерти Атауальпы и Манко в поисках козлов отпущения или законного их оправдания, избегая допускать мысли о том, что имела место хорошо рассчитанная политическая выгода. В начале конкисты испанцы придавали слишком большое значение справедливости свержения «узурпатора» Атауальпы в пользу «законных» членов королевской фамилии инков. Все это привело к неожиданным неприятным последствиям, когда поднял восстание «законный» Инка Манко, а испанцы так до конца и не смогли убедить себя в том, что титул Паулью был в равной степени законным. Теперь, когда и Манко, и Паулью скончались, испанские власти попытались привлечь на свою сторону их потомков. Гаска обеспечил средства к существованию сыну Паулью Инке Карлосу; но все, начиная от короля Испании, хотели расположить к себе непокорных сыновей Манко в Вилькабамбе.