Титу Куси, чье имя означало великодушный и счастливый, был сыном Манко от жены, которая не являлась его родной койей. Его вступление на престол оказалось еще одним примером системы избирательной преемственности инков. Инки никогда не придавали такого большого значения праву первородства и законности в выборе нового правителя, как европейцы. Инкам важнее были способности, так что было обычным делом, если более способный, но менее законный сын вытеснял первого избранника. Обычно состарившийся Инка сам выбирал своего преемника, и Титу Куси утверждал, что после удара ножом Манко прожил достаточно долго, чтобы назвать таковым его. Это утверждение не соответствовало действительности: малолетний Сайри-Тупак был, без сомнения, законным преемником Манко и признавался таковым в течение двенадцати лет регентства. И все же кажется вероятным, что Сайри-Тупак был признан неполноценным. Регенты и военачальники решили, что Титу Куси будет лучше поддерживать традиции Манко как партизанского вождя и непримиримого врага испанцев. Поэтому они не препятствовали Сайри-Тупаку, когда тот захотел явиться миру и вести жизнь, полную комфорта, в испанском Перу, а сами позаботились о сохранении в Вилькабамбе королевских регалий: головного убора в виде темнокрасной бахромы. Они также использовали Сайри-Тупака как подопытного кролика, чтобы проверить позицию испанцев после окончания гражданских войн.
Что касается законности его прав, как Титу Куси объяснил испанскому посланнику Диего Родригесу де Фигероа, то для них это имеет второстепенное значение. Он был Инкой и верховным жрецом де-факто; он «вступил во владение и был признан другими инками; они все повиновались ему, и если бы у него не было прав, они бы не делали этого». Этим своим замечанием Титу Куси молчаливо признавал, что он правит больше благодаря своим достоинствам, нежели согласно строгим нормам преемственности. На самом деле он оттеснил еще одного младшего брата по имени Тупак Амару, который приходился родным братом Сайри-Тупаку и был сыном Манко и его койи. По словам Муруа, Сайри-Тупак назначил своим законным преемником этого Тупака Амару. Но Титу Куси, «его незаконнорожденный брат — из-за того, что он был старше, а Тупак Амару был ребенком, — узурпировал королевский трон и монарший титул и стал выдавать себя за правителя. Он сделал Тупака Амару священнослужителем и приказал ему оставаться хранителем тела их отца в Вилькабамбе». Сармьенто де Гамбоа писал: «Титу Куси Юпанки — не законный сын Инки Манко, а ублюдок и самозванец. Индейцы считают, что другой сын, Тупак Амару, — законный; но он еще не способен править, и индейцы зовут его „ути“ (бессильный)».
Заявление испанцев о незаконности рождения и узурпации власти были сделаны из-за разочарования от провала их политики. Нравилось им это или нет, но теперь в Вилькабамбе воцарился талантливый правитель. Испанским властям было неясно, что делать с этой новой ситуацией в государстве инков. Некоторые хотели вновь прибегнуть к политике выманивания Инки из его убежища; другие высказывались за еще одну военную экспедицию, несмотря на то что память о провале экспедиций Родриго Оргоньеса и Гонсало Писарро была еще жива. Поэтому в последующие годы политика испанцев колебалась между дипломатическими уговорами и бряцанием оружием в зависимости от степени энергичности местных или вицекоролевских властей в каждый конкретный момент.
Первой реакцией на смерть Сайри-Тупака было найти козла отпущения. Было явно подозрительно, что марионеточный правитель туземцев вдруг внезапно умер в таком раннем возрасте. Вождь племени каньяри в долине Юкай Франсиско Чильче был заключен под стражу по подозрению в том, что он отравил Инку, так как он был с ним в то время, когда тот умер. Все это очень напоминало арест Чалкучимы по подозрению в отравлении Тупака Уальпы. Но Чильче избежал судьбы Чалкучимы и был освобожден спустя год, когда против него не нашлось никаких улик. Согласно другой версии Сайри-Тупака убили по наущению воинствующих активистов Вилькабамбы, чтобы наказать его за коллаборационизм и дать возможность Титу Куси вступить на престол. Такое могло быть, и, возможно, делалось без ведома Титу Куси или без его одобрения. И все же есть еще одна версия, согласно которой Инку устранили сын Паулью Дон Карлос Инка и его друг Алонсо Титу Атаучи. Вражда между Манко и Паулью продолжилась между их потомками, и появление Сайри-Тупака в Куско, без сомнения, затмило авторитет предыдущих вождей индейской общины города.